48 equipas (campeãs nacionais da taça, mais as equipas mais qualificadas das mais importantes ligas nacionais europeias), entraram numa fase de grupos preliminar, divididas em oito grupos de seis equipas cada, e disputaram um round robin. A classificação final foi baseada em vitórias e derrotas individuais. No caso de empate entre duas ou mais equipas, após a fase de grupos, foram utilizados os seguintes critérios para decidir a classificação final: 1) número de vitórias em jogos um a um entre as equipas; 2) média da cesta entre as equipes; 3) média da cesta geral dentro do grupo.
As quatro melhores equipes de cada grupo se classificaram para um Playoff de 1/16 de Final (X-pairings, jogos em casa e fora), onde os vencedores avançaram para 1/8 de Final, 1/4 de Final e 1/2 Final.
A final foi jogada em um local pré-determinado.
Classificação do país
Para a FIBA EuroCup 1996-1997, os países são alocados de acordo com sua posição nas classificações de países da Fiba, que leva em consideração seu desempenho em competições europeias de 1993-1994 a 1995-1996.