O 1998-99 Francês Rugby Championship União foi jogado por 24 equipes divididas na fase preliminar em três pools de 8. As cinco primeiras equipes de cada grupo eo melhor sexto colocado foram admitidos à segunda rodada. O outro jogou um torneio rebaixamento dividido em duas piscinas.
Toulouse ganhou o título, batendo Montferrand no final (que perder para 6ª vez a final).