As eleições presidenciais foram realizadas na Eslováquia em 15 de maio de 1999, com um segundo turno em 29 de maio. Após uma emenda constitucional em 1998 que introduziu eleições presidenciais diretas pela primeira vez, elas resultaram na vitória de Rudolf Schuster , que recebeu 57,2% dos votos no segundo turno.
Resultados
Resultados do primeiro turno da eleição, mostrando força de voto por distrito.
Resultados do segundo turno da eleição, mostrando força de voto por distrito.