BitterDB - BitterDB
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| Contente | |
| Descrição | compostos amargos . |
| Contato | |
| Centro de Pesquisa | A Universidade Hebraica de Jerusalém Rehovot, Israel. |
| Laboratório | A Faculdade de Agricultura Robert H Smith |
| Autores | Ayana Wiener |
| Citação primária | Wiener & al. (2012) |
| Data de lançamento | 2011 |
| Acesso | |
| Local na rede Internet | http://bitterdb.agri.huji.ac.il |
| Ferramentas | |
| Rede | explosão |
O BitterDB é um banco de dados de compostos cujo gosto foi considerado amargo para os humanos.
Resumo
Qualidades gustativas básicas como azedo, salgado, doce, amargo e umami têm funções específicas na identificação de componentes alimentares encontrados na dieta de humanos e animais e são reconhecidas por proteínas na cavidade oral. Acredita-se que o reconhecimento do sabor amargo e a aversão a ele protejam o organismo contra a ingestão de compostos alimentares tóxicos, que geralmente são amargos. Os receptores do sabor amargo são expressos não apenas na boca, mas também nos tecidos extraorais. O banco de dados BitterDB, disponível em http://bitterdb.agri.huji.ac.il/bitterdb/ , inclui mais de 670 compostos que foram relatados para ter gosto amargo para humanos. Os compostos podem ser pesquisados por nome, estrutura química, semelhança com outros compostos amargos, associação com um receptor de sabor amargo humano particular e assim por diante. O banco de dados também contém informações sobre mutações em receptores de sabor amargo que mostraram influenciar a ativação do receptor por compostos amargos.
Visão geral do banco de dados
Compostos amargos
BitterDB atualmente contém mais de 670 compostos que foram citados na literatura como amargos. Para cada composto, o banco de dados oferece informações sobre suas propriedades moleculares, referências para o amargor do composto, incluindo informações adicionais sobre a categoria de amargor do composto (por exemplo, uma anotação 'agridoce' ou 'ligeiramente amargo'), identificadores de diferentes compostos (sorrisos , Número de registro CAS, nome sistemático IUPAC), uma indicação se o composto é derivado de uma fonte natural ou sintético, um link para a entrada PubChem do composto e diferentes formatos de arquivo para download (sdf, imagem, sorrisos). Mais de 200 compostos amargos foram experimentalmente ligados aos seus receptores de sabor amargo humanos correspondentes. Para esses compostos, o BitterDB fornece informações adicionais, incluindo links para as publicações que indicam essas interações ligante-receptor, a concentração eficaz para a ativação do receptor e / ou o valor EC50 e links para as entradas de receptores de sabor amargo associadas no BitterDB.
Consultando e navegando
Os compostos amargos podem ser consultados e pesquisados de diferentes maneiras. Por exemplo, a opção 'pesquisa avançada' permite ao usuário recuperar compostos que se enquadram em diferentes critérios, como uma combinação de propriedades físicas específicas ou uma combinação de receptores de sabor amargo humano associados. Além das opções de consulta, o usuário pode navegar por uma tabela classificável com todos os compostos BitterDB.
Receptores de sabor amargo
Além disso, BitterDB contém dados sobre os 25 receptores humanos de sabor amargo conhecidos. Várias propriedades são exibidas para cada receptor. Os receptores do sabor amargo podem ser pesquisados usando diferentes critérios: nome, ligantes conhecidos e número de acesso UniProt . Usando uma tabela que apresenta todos os receptores de sabor amargo e algumas informações sobre eles, o usuário pode navegar e também classificar por várias opções, como a quantidade de ligantes amargos associados ao receptor.
Serviço local BLAST e alinhamento global
O BitterDB oferece dois recursos adicionais: um serviço BLAST local para determinar a similaridade local entre uma sequência de consulta e os diferentes receptores de sabor amargo humanos e um alinhamento global dos 25 receptores de sabor amargo humanos. O alinhamento foi gerado usando ClustalW2 , e exibe a estrutura secundária de cada receptor, conforme previsto pelo servidor TOPCONS.
Os usuários podem fazer upload de compostos amargos
O BitterDB oferece uma opção de 'upload', pela qual os usuários são incentivados a enviar informações sobre os compostos amargos. Esses dados serão revisados pelos autores e carregados no banco de dados de acordo. Os usuários podem entrar na lista de discussão para receber atualizações do banco de dados.
Exemplos
Veja também
Referências
- ^ a b Wiener, Ayana; Shudler Marina; Levit Anat; Niv Masha Y (janeiro de 2012). "BitterDB: um banco de dados de compostos amargos" . Nucleic Acids Res . Inglaterra. 40 (problema do banco de dados): D413–9. doi : 10.1093 / nar / gkr755 . PMC 3245057 . PMID 21940398 .