ChEMBL - ChEMBL

ChEMBL
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Contente
Descrição Banco de dados biológico
Tipos de dados
capturados
Moléculas com propriedades semelhantes a drogas e atividade biológica
Contato
Centro de Pesquisa Laboratório Europeu de Biologia Molecular
Laboratório Reino Unido Instituto Europeu de Bioinformática
Autores Andrew Leach, Líder de Equipe 2016-Presente; John Overington, líder de equipe 2008-2015
Citação primária PMID  21948594
Data de lançamento 2009
Acesso
Local na rede Internet ChEMBL
URL de download Transferências
URL do serviço da web ChEMBL Webservices
Endpoint Sparql Plataforma ChEMBL EBI-RDF
Diversos
Licença Os dados ChEMBL estão disponíveis em uma licença Creative Commons Attribution-Share Alike 3.0 Unported.
Controle de versão ChEMBL_28

ChEMBL ou ChEMBLdb é um banco de dados químico com curadoria manual de moléculas bioativas com propriedades semelhantes a drogas. É mantido pelo European Bioinformatics Institute (EBI), do European Molecular Biology Laboratory ( EMBL ), com sede no Wellcome Trust Genome Campus , Hinxton, Reino Unido.

O banco de dados, originalmente conhecido como StARlite, foi desenvolvido por uma empresa de biotecnologia chamada Inpharmatica Ltd., posteriormente adquirida pela Galapagos NV . Os dados foram adquiridos para o EMBL em 2008 com um prêmio do The Wellcome Trust , resultando na criação do grupo de quimiogenômica ChEMBL no EMBL-EBI, liderado por John Overington.

Escopo e acesso

O banco de dados ChEMBL contém dados de bioatividade de compostos contra alvos de drogas. A bioatividade é relatada em Ki, Kd, ​​IC50 e EC50. Os dados podem ser filtrados e analisados ​​para desenvolver bibliotecas de triagem de compostos para identificação de chumbo durante a descoberta de drogas.

O ChEMBL versão 2 (ChEMBL_02) foi lançado em janeiro de 2010, incluindo 2,4 milhões de medições de bioensaios cobrindo 622.824 compostos, incluindo 24.000 produtos naturais. Isso foi obtido com a curadoria de mais de 34.000 publicações em doze periódicos de química medicinal . A cobertura do ChEMBL de dados de bioatividade disponíveis cresceu e se tornou "a mais abrangente já vista em um banco de dados público". Em outubro de 2010, o ChEMBL versão 8 (ChEMBL_08) foi lançado, com mais de 2,97 milhões de medições de bioensaios cobrindo 636.269 compostos.

ChEMBL_10 viu a adição dos ensaios de confirmação PubChem , a fim de integrar dados que são comparáveis ​​ao tipo e classe de dados contidos no ChEMBL.

O ChEMBLdb pode ser acessado por meio de uma interface da web ou baixado pelo protocolo de transferência de arquivos . Ele é formatado de forma acessível para mineração de dados computadorizada e tenta padronizar as atividades entre as diferentes publicações, para permitir uma análise comparativa. O ChEMBL também está integrado a outros recursos de química de grande escala, incluindo PubChem e o sistema ChemSpider da Royal Society of Chemistry .

Recursos associados

Além do banco de dados, o grupo ChEMBL desenvolveu ferramentas e recursos para mineração de dados. Isso inclui o Kinase SARfari, uma bancada de trabalho quimiogenômica integrada focada em quinases . O sistema incorpora e liga sequência, estrutura, compostos e dados de triagem .

GPCR SARfari é uma bancada de trabalho semelhante focada em GPCRs , e ChEMBL-Neglected Tropical Diseases (ChEMBL-NTD) é um repositório para triagem primária de acesso aberto e dados de química medicinal direcionados a doenças tropicais endêmicas das regiões em desenvolvimento da África, Ásia e Américas. O objetivo principal do ChEMBL-NTD é fornecer um arquivo permanente e de acesso livre e um centro de distribuição para os dados depositados.

Julho de 2012 viu o lançamento de um novo serviço de dados sobre malária Arquivado em 2016-07-30 na Wayback Machine , patrocinado pelo Medicines for Malaria Venture ( MMV ), destinado a pesquisadores de todo o mundo. Os dados neste serviço incluem compostos do conjunto de triagem Malaria Box, bem como os outros dados de malária doados encontrados no ChEMBL-NTD.

myChEMBL , a máquina virtual ChEMBL, foi lançada em outubro de 2013 para permitir que os usuários acessem uma infraestrutura de quimio-informática completa, gratuita e fácil de instalar.

Em dezembro de 2013, as operações do banco de dados de informática de patentes SureChem foram transferidas para o EMBL-EBI. Em uma mala, SureChem foi renomeado SureChEMBL.

2014 viu a introdução do novo recurso ADME SARfari - uma ferramenta para prever e comparar alvos ADME entre espécies.

Veja também

Referências

links externos