Cromossomo 5 - Chromosome 5

Cromossomo 5
Cariote humano masculino em alta resolução - Cromossomo 5 cropped.png
Cromossoma humano 5 par depois L-bandas .
Um é da mãe, outro é do pai.
Cariote humano masculino de alta resolução - Cromossomo 5.png
Par do cromossomo 5
no cariograma masculino humano .
Recursos
Comprimento ( bp ) 181.538.259 bp
( GRCh38 )
No. de genes 839 ( CCDS )
Modelo Autossomo
Posição do centrômero Submetacêntrico
(48,8 Mbp)
Listas completas de genes
CCDS Lista de genes
HGNC Lista de genes
UniProt Lista de genes
NCBI Lista de genes
Visualizadores de mapa externos
Conjunto Cromossomo 5
Entrez Cromossomo 5
NCBI Cromossomo 5
UCSC Cromossomo 5
Sequências completas de DNA
RefSeq NC_000005 ( FASTA )
GenBank CM000667 ( FASTA )

O cromossomo 5 é um dos 23 pares de cromossomos em humanos . As pessoas normalmente têm duas cópias desse cromossomo. O cromossomo 5 abrange cerca de 181 milhões de pares de bases (os blocos de construção do DNA ) e representa quase 6% do DNA total nas células . O cromossomo 5 é o quinto maior cromossomo humano, embora tenha uma das menores densidades gênicas . Isso é parcialmente explicado por numerosas regiões pobres em genes que exibem um grau notável de não codificação e conservação sintênica com vertebrados não mamíferos , sugerindo que eles são funcionalmente restritos.

Como o cromossomo 5 é responsável por muitas formas de crescimento e desenvolvimento (divisões celulares), as alterações podem causar câncer. Um exemplo seria a leucemia mieloide aguda (LMA).

Genes

Número de genes

A seguir estão algumas das estimativas de contagem de genes do cromossomo humano 5. Como os pesquisadores usam diferentes abordagens para a anotação do genoma, suas previsões do número de genes em cada cromossomo variam (para obter detalhes técnicos, consulte previsão de genes ). Entre vários projetos, o projeto de sequência de codificação de consenso colaborativo ( CCDS ) adota uma estratégia extremamente conservadora. Portanto, a previsão do número do gene do CCDS representa um limite inferior no número total de genes codificadores de proteínas humanas.

Estimado por Genes codificadores de proteínas Genes de RNA não codificantes Pseudogenes Fonte Data de lançamento
CCDS 839 - - 08/09/2016
HGNC 790 355 574 12/05/2017
Conjunto 882 1.207 707 29-03-2017
UniProt 875 - - 28/02/2018
NCBI 886 981 785 19/05/2017

Lista de genes

A seguir está uma lista parcial de genes no cromossomo humano 5. Para obter a lista completa, consulte o link na caixa de informações à direita.

  • ABLIM3 : proteína 3 que codifica a proteína LIM de ligação à actina
  • ADAMTS2 : ADAM metalopeptidase com motivo de trombospondina tipo 1, 2
  • AGXT2 : Alanina-glioxilato aminotransferase 2
  • ANKRD31 : codificação do domínio de repetição 31 da proteína Anquirina
  • Apbb3 : que codifica a proteína amilóide beta A4 precursor membro da família B-proteína de ligação 3
  • APC : adenomatose polipose coli
  • ARL15 : codificação da proteína ADP-fator de ribosilação 15
  • BRIX1 : homólogo da proteína da biogênese do ribossomo BRX1 (também BXDC2)
  • C1QTNF3 : Proteína 3 relacionada ao fator de necrose tumoral C1q do complemento
  • FAM114A2 : proteína que codifica FAM114A2
  • NREP : proteína relacionada à regeneração neuronal
  • FAM172A : proteína que codifica a proteína UPF0528 FAM172A
  • CPLANE1 : Ciliogênese e efetor de polaridade plana 1
  • CAST : calpastatina
  • CPLX2 : Complexin-2
  • CREBRF : fator regulador da proteína de codificação CREB3
  • CXXC5 : proteína de dedo zing 5 do tipo CXXC
  • DPYSL3 : Proteína 3 semelhante a dihidropirimidinase
  • EGR1 : proteína 1 de resposta ao crescimento inicial
  • ERAP1 : retículo endoplasmático aminopeptidase 1 (anteriormente denominado ARTS-1 )
  • ERAP2 : retículo endoplasmático aminopeptidase 2
  • ESM1 : Molécula 1 específica para células endoteliais
  • DTDST : transportador de sulfato de displasia diastrófica
  • EIF4E1B : que codifica a proteína eucariótica do fator de iniciação da tradução 4E membro da família 1B
  • ERCC8 : deficiência de reparação de roedores de complementação cruzada de reparo por excisão, grupo de complementação 8
  • FAM71B : Família de proteínas codificadoras com similaridade de sequência 71 membro B
  • FAM105B : codificando a família de proteínas com semelhança de sequência 105, membro B
  • FASTKD3 : proteína 3 contendo domínio de quinase FAST
  • FBXL7 : proteína 7 de repetição de F-box / LRR
  • FCHSD1 : FCH e proteína 1 de domínio SH3 duplo
  • FGF1 : fator de crescimento de fibroblastos 1 (fator de crescimento de fibroblastos ácido)
  • FGFR4 : receptor 4 do fator de crescimento de fibroblastos
  • GM2A : ativador gangliosídeo GM2
  • GNPDA1 : Glucosamina-6-fosfato isomerase 1
  • GPBP1 : vasculina
  • HEXB : hexosaminidase B (polipeptídeo beta)
  • HMGXB3 : codificando a proteína HMG-box contendo 3
  • IK : Proteína Vermelha
  • IRX1 : proteína homeodomínio da classe Iroquois (humana)
  • LARP1 : proteína 1 relacionada com La
  • LMAN2 : Lectina manose ligação 2
  • LNCR3 codificação de proteína susceptibilidade ao cancro do pulmão 3
  • LPCAT1 : Lisofosfatidilcolina aciltransferase 1
  • LYSMD3 : LysM e proteína 3 contendo domínio de ligação de peptidoglicano putativo
  • MAN2A1 : Alfa-manosidase 2
  • MASS1 : monogênico, homólogo de suscetibilidade a crises audiogênicas 1 (camundongo)
  • MCC : proteína de câncer mutante colorretal
  • MCCC2 : metilcrotonoil-Coenzima A carboxilase 2 (beta)
  • MEF2C : Fator 2C potenciador específico de miócitos
  • MEF2C-AS1 : codificando a proteína MEF2C antisense RNA 1
  • MGAT1 : Manosil (alfa-1,3 -) - glicoproteína beta-1,2-N-acetilglucosaminiltransferase
  • MIR146A : microRNA 146a
  • MTRR : 5-metiltetraidrofolato-homocisteína metiltransferase redutase
  • MZB1 : proteína específica da célula da zona B e B1 marginal
  • NIPBL : homólogo Nipped-B (Drosophila)
  • NSA2 codificação de proteína proteína nuclear TGF beta-1 induzível
  • NSD1 : proteína co- reguladora da transcrição
  • NSUN2 : família de domínio NOP2 / Sun, membro 2
  • NR2F1 : receptor de hormônio nuclear
  • NUDCD2 : proteína 2 contendo domínio NudC
  • P4HA2 : subunidade alfa-2 da prolil 4-hidroxilase
  • PCBD2 : Pterin-4-alfa-carbinolamina desidratase 2
  • PELO : Homólogo de Pelota
  • PHAX : adaptador fosforilado para exportação de RNA
  • Pikachurin : Responsável pelo funcionamento das sinapses da fita ; permite que o olho rastreie objetos em movimento
  • PFDN1 : Subunidade 1 de Prefoldina
  • POLR3G : polipeptídeo G (32kD) da proteína polimerase (RNA) III (dirigida ao DNA)
  • PPIP5K2 : difosfoinositol pentacisfosfato quinase 2
  • PRCC1 : Bobina 1 rica em prolina
  • PURA : proteína A de ligação ao elemento rico em purinas
  • PWWP2A : codificação do domínio PWWP da proteína contendo 2A
  • RANBP3L : que codifica a proteína de ligação a RAN de proteína 3 semelhante
  • RMND5B : Necessário para homólogo B da divisão 5 nuclear meiótica
  • SFXN1 : Sideroflexin-1
  • SKIV2L2 : Ski2 como RNA helicase 2
  • SLC22A5 : família de transportadores de soluto 22 (transportador de cátions orgânicos), membro 5
  • SLC26A2 : família de transportador de soluto 26 (transportador de sulfato), membro 2
  • SH3TC2 : repetições de domínio e tetratricopeptídeo 2
  • SLCO4C1 : Membro da família do transportador de ânion orgânico transportador de soluto 4c1
  • SLU7 : fator de processamento de pré-mRNA SLU7
  • SMN1 : neurônio motor de sobrevivência 1, telomérico
  • SMN2 : neurônio motor de sobrevivência 2, centromérico
  • SNCAIP : sinucleína, proteína de interação alfa (sinfilina)
  • SPEF2 : proteína flagelar 2 de esperma
  • SPINK5 : inibidor de serina protease tipo Kazal 5 (LEKTI)
  • SPINK6 : inibidor de serina protease tipo Kazal 6
  • SPINK9 : inibidor de serina protease tipo Kazal 9 (LEKTI-2)
  • SPZ1 : proteína zipper de leucina espermatogênica 1
  • STC2 : Stanniocalcina-2
  • TBCA : chaperona A específica de tubulina
  • TCOF1 : síndrome de Treacher Collins-Franceschetti 1
  • TGFBI : queratoepitelina
  • THG1L : Provável tRNA (His) guanililtransferase
  • TICAM2 : molécula adaptadora 2 contendo domínio TIR
  • TNFAIP8 : Fator de necrose tumoral, proteína 8 induzida por alfa
  • TTC37 : domínio de repetição de tetratricopeptídeo 37
  • UPF0488 : codifica a via de sinalização da proteína do receptor acoplado à proteína G
  • YIPF5 : membro da família 5 do domínio Yip1
  • YTHDC2 : o domínio YTH da proteína codificadora contendo 2
  • ZBED3 : proteína 3 contendo o domínio BED de dedo de zinco
  • ZNF608 : que codifica a proteína de dedo de zinco 608

Doenças e distúrbios

A seguir estão algumas das doenças relacionadas aos genes localizados no cromossomo 5:

Condições cromossômicas

As seguintes condições são causadas por mudanças na estrutura ou número de cópias do cromossomo 5:

  • A síndrome de Cri-du-chat é causada por uma deleção da extremidade do braço curto (p) do cromossomo 5. Essa alteração cromossômica é escrita como 5p-. Os sinais e sintomas da síndrome de cri-du-chat provavelmente estão relacionados à perda de múltiplos genes nessa região. Os pesquisadores não identificaram todos esses genes ou determinaram como sua perda leva às características do distúrbio. Eles descobriram, entretanto, que uma deleção maior tende a resultar em retardo mental mais grave e atrasos no desenvolvimento em pessoas com síndrome do cri-du-chat.
Os pesquisadores definiram regiões estreitas do braço curto do cromossomo 5 que estão associadas a características particulares da síndrome do cri-du-chat. Uma região específica designada 5p15.3 está associada a um grito de gato, e uma região próxima chamada 5p15.2 está associada a retardo mental, cabeça pequena (microcefalia) e características faciais distintas.
  • A polipose adenomatosa familiar é causada por uma deleção do gene supressor de tumor APC no braço longo (q) do cromossomo 5. Essa alteração cromossômica resulta em milhares de pólipos colônicos, o que dá ao paciente um risco de 100% de câncer de cólon se a colectomia total não for feito.
  • A síndrome de deleção do cromossomo 5q é causada pela deleção do braço q (braço longo) do cromossomo 5. Essa deleção tem sido associada a várias doenças relacionadas ao sangue, incluindo síndrome mielodisplásica e eritroblastopenia . Esta é uma condição diferente da Cri-du-chat mencionada acima.
  • Outras mudanças no número ou na estrutura do cromossomo 5 podem ter uma variedade de efeitos, incluindo crescimento e desenvolvimento retardados, características faciais distintas, defeitos de nascença e outros problemas médicos. Mudanças no cromossomo 5 incluem um segmento extra do braço curto (p) ou longo (q) do cromossomo em cada célula (trissomia parcial 5p ou 5q), um segmento ausente do braço longo do cromossomo em cada célula (monossomia parcial 5q), e uma estrutura circular chamada cromossomo em anel 5. Um cromossomo em anel ocorre quando ambas as extremidades de um cromossomo quebrado são reunidas.

Banda citogenética

Ideogramas de banda G do cromossomo 5 humano
Ideograma de banda G do cromossomo 5 humano na resolução de 850 bphs. O comprimento da banda neste diagrama é proporcional ao comprimento do par de bases. Este tipo de ideograma é geralmente usado em navegadores de genoma (por exemplo , Ensembl , UCSC Genome Browser ).
Padrões de banda G do cromossomo 5 humano em três resoluções diferentes (400, 550 e 850). O comprimento da banda neste diagrama é baseado nos ideogramas de ISCN (2013). Este tipo de ideograma representa o comprimento de banda relativo real observado ao microscópio em diferentes momentos durante o processo mitótico .
Bandas G do cromossomo humano 5 na resolução de 850 bphs
Chr. Braço Banda ISCN
start

Parada ISCN
Basepair
início

Parada do basepair
Mancha Densidade
5 p 15,33 0 278 1 4.400.000 gneg
5 p 15,32 278 401 4.400.001 6.300.000 gpos 25
5 p 15,31 401 555 6.300.001 9.900.000 gneg
5 p 15,2 555 802 9.900.001 15.000.000 gpos 50
5 p 15,1 802 972 15.000.001 18.400.000 gneg
5 p 14,3 972 1234 18.400.001 23.300.000 gpos 100
5 p 14,2 1234 1281 23.300.001 24.600.000 gneg
5 p 14,1 1281 1543 24.600.001 28.900.000 gpos 100
5 p 13,3 1543 1836 28.900.001 33.800.000 gneg
5 p 13,2 1836 2068 33.800.001 38.400.000 gpos 25
5 p 13,1 2068 2253 38.400.001 42.500.000 gneg
5 p 12 2253 2407 42.500.001 46.100.000 gpos 50
5 p 11 2407 2592 46.100.001 48.800.000 acen
5 q 11,1 2592 2839 48.800.001 51.400.000 acen
5 q 11,2 2839 3271 51.400.001 59.600.000 gneg
5 q 12,1 3271 3518 59.600.001 63.600.000 gpos 75
5 q 12,2 3518 3580 63.600.001 63.900.000 gneg
5 q 12,3 3580 3765 63.900.001 67.400.000 gpos 75
5 q 13,1 3765 4012 67.400.001 69.100.000 gneg
5 q 13,2 4012 4197 69.100.001 74.000.000 gpos 50
5 q 13,3 4197 4397 74.000.001 77.600.000 gneg
5 q 14,1 4397 4752 77.600.001 82.100.000 gpos 50
5 q 14,2 4752 4907 82.100.001 83.500.000 gneg
5 q 14,3 4907 5400 83.500.001 93.000.000 gpos 100
5 q 15 5400 5678 93.000.001 98.900.000 gneg
5 q 21,1 5678 5879 98.900.001 103.400.000 gpos 100
5 q 21,2 5879 5987 103.400.001 105.100.000 gneg
5 q 21,3 5987 6295 105.100.001 110.200.000 gpos 100
5 q 22,1 6295 6419 110.200.001 112.200.000 gneg
5 q 22,2 6419 6527 112.200.001 113.800.000 gpos 50
5 q 22,3 6527 6666 113.800.001 115.900.000 gneg
5 q 23,1 6666 6943 115.900.001 122.100.000 gpos 100
5 q 23,2 6943 7267 122.100.001 127.900.000 gneg
5 q 23,3 7267 7468 127.900.001 131.200.000 gpos 100
5 q 31,1 7468 7807 131.200.001 136.900.000 gneg
5 q 31,2 7807 8008 136.900.001 140.100.000 gpos 25
5 q 31,3 8008 8316 140.100.001 145.100.000 gneg
5 q 32 8316 8625 145.100.001 150.400.000 gpos 75
5 q 33,1 8625 8887 150.400.001 153.300.000 gneg
5 q 33,2 8887 9072 153.300.001 156.300.000 gpos 50
5 q 33,3 9072 9304 156.300.001 160.500.000 gneg
5 q 34 9304 9690 160.500.001 169.000.000 gpos 100
5 q 35,1 9690 9952 169.000.001 173.300.000 gneg
5 q 35,2 9952 10183 173.300.001 177.100.000 gpos 25
5 q 35,3 10183 10600 177.100.001 181.538.259 gneg

Referências

Leitura adicional

links externos

  • Instituto Nacional de Saúde. "Cromossomo 5" . Referência de Genetics Home . Arquivado do original em 14 de outubro de 2004 . Recuperado em 06-05-2017 .
  • "Cromossomo 5" . Arquivo de informações do projeto do genoma humano 1990–2003 . Recuperado em 06-05-2017 .