Comparação de software de simulação de ácido nucleico - Comparison of nucleic acid simulation software

Esta é uma lista de programas de computador notáveis ​​usados ​​para simulações de ácidos nucléicos .

Nome Ver 3D Construção de modelo Min MD MC REM Crt Int Exp Criança levada Lig GPU Comentários Licença Local na rede Internet
Abalone sim sim sim sim sim sim sim Não sim sim sim sim DNA , proteínas , ligantes Sem custos Molécula Ágil
ÂMBAR Não sim sim sim Não sim sim Não sim sim sim sim Campo de força AMBER Proprietário ambermd.org
Ascalaph Designer sim sim sim sim Não Não sim Não sim sim sim Não ÂMBAR Grátis, GPL biomolecular-modeling.com
CHARMM Não sim sim sim sim Não sim Não sim sim sim Não Campo de força CHARMM Proprietário charmm.org
CP2K Não Não sim sim sim sim sim Não sim Não Não sim Grátis, GPL cp2k.org
Previsor (equipado) sim Não sim Não Não Não sim Não sim Não sim Não Pequena molécula ancorada em ácidos nucléicos com colocação de água Gratuito para academia, proprietário Molecular Forecaster
ICM sim sim sim Não sim Não Não sim Não sim Não Não Otimização Global Proprietário Molsoft
JUMNA Não sim sim Não Não Não Não sim Não sim Não Não Proprietário
MDynaMix sim sim Não sim Não Não sim Não sim Não sim Não MD comum Grátis, GPL Universidade de Estocolmo
Ambiente operacional molecular (MOE) sim sim sim sim Não Não sim Não sim Não sim Não Proprietário Chemical Computing Group
Construtor de ácido nucléico (NAB) Não sim Não Não Não Não Não Não Não Não Não Não Gera modelos para DNA incomum, RNA Grátis, GPL New Jersey University
NAnoscale Molecular Dynamics ( NAMD ) sim Não sim sim Não Não sim Não sim Não sim sim MD rápido, paralelo, CUDA Sem custos Universidade de Illinois
oxDNA sim sim sim sim sim sim sim Não Não sim Não sim Modelos de granulação grossa de DNA, RNA Grátis, GPL dna.physics.ox.ac.uk

LAMMPS CG-DNA

QRNAS Não Não sim Não Não Não sim Não Não sim Não Não Refinamento de alta resolução de modelos de RNA , DNA e híbridos usando campo de força AMBER . Grátis, GPL Genesilico Github
SimRNA sim sim Não Não sim sim sim sim Não sim Não Não Modelagem de baixa granulação de RNA Gratuito para acadêmico, proprietário Genesilico
SimRNAweb sim sim Não Não sim sim sim sim Não sim Não Não Modelagem de baixa granulação de RNA Sem custos Genesilico
YASARA sim sim sim sim Não Não sim Não sim Não sim Não Simulações interativas Proprietário www.YASARA.org

Veja também

Referências


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