Ewan Birney - Ewan Birney
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Ewan Birney
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 Ewan Birney no dia de admissão da Royal Society em Londres, julho de 2014
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| Nascer |
John Frederick William Birney
6 de dezembro de 1972 |
| Outros nomes | Ewan Birney John Birney |
| Educação | Eton College |
| Alma mater | |
| Conhecido por | |
| Cônjuge (s) | Cevada Laycock ( m. 2003) |
| Crianças | Dois |
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| Carreira científica | |
| Campos | |
| Instituições | |
| Tese | Alinhamento de sequência em bioinformática (2000) |
| Orientador de doutorado | Richard Durbin |
| Influências | |
| Local na rede Internet | ewanbirney |
John Frederick William Birney CBE FRS FMedSci (nascido em 6 de dezembro de 1972) é diretor adjunto com Rolf Apweiler do Instituto Europeu de Bioinformática da EMBL (EMBL-EBI), em Hinxton , Cambridgeshire e vice-diretor geral do Laboratório Europeu de Biologia Molecular (EMBL). Ele também atua como diretor não executivo da Genomics England , presidente da Global Alliance for Genomics and Health (GA4GH) e professor honorário de bioinformática na Universidade de Cambridge . Birney fez contribuições significativas para a genômica , por meio de seu desenvolvimento de ferramentas inovadoras de bioinformática e biologia computacional . Anteriormente, ele atuou como professor associado no Wellcome Trust Sanger Institute .
Educação
Birney foi educado no Eton College como um Oppidan Scholar . Antes de ir para a universidade, Birney completou um estágio de ano sabático no Cold Spring Harbor Laboratory, supervisionado por James Watson e Adrian Krainer .
Birney concluiu seu bacharelado em bioquímica na University of Oxford em 1996, onde era aluno de graduação no Balliol College, Oxford . Ele completou seu PhD no Sanger Institute , supervisionado por Richard Durbin enquanto ele era um estudante de pós-graduação no St John's College, Cambridge . Sua pesquisa de doutorado usou programação dinâmica , máquinas de estados finitos e autômatos probabilísticos para o alinhamento de sequências .
Enquanto era estudante, ele completou estágios no gabinete do prefeito de Baltimore e também em serviços financeiros sobre avaliação de opções para o Swiss Bank Corporation .
Pesquisa e carreira
De 2000 a 2003, Birney organizou uma aposta científica e sorteio conhecido como GeneSweep , para a comunidade genômica, apostando em estimativas do número total de genes (e DNA não codificador ) no genoma humano.
Birney é um dos fundadores do navegador do genoma Ensembl e de outros bancos de dados, e desempenhou um papel no sequenciamento do Genoma Humano em 2000 e na análise da função do genoma no projeto ENCODE . Ele desempenhou um papel na anotação das sequências do genoma de humanos, ratos, galinhas e vários outros organismos. Seu grupo de pesquisa se concentra na genômica computacional e nas diferenças interindividuais em humanos e outros animais .
Birney é conhecido por seu papel no consórcio ENCODE . Antes do projeto ENCODE, Birney esteve envolvido na criação de uma série de ferramentas de bioinformática e biologia computacional amplamente utilizadas , seja diretamente (PairWise, GeneWise, GenomeWise,) ou em colaboração com alunos e pós - docs , por exemplo, Exonerate (com Guy Slater) , Enredo (Javier Herrero), Pecan (Benedict Paten), o montador de veludo (Daniel Zerbino) e CRAM (Markus Hsi-Yang Fritz, Rasko Leinonen e Vadim Zalunin). Birney também contribuiu para vários outros projetos, incluindo o banco de dados Pfam , InterPro , BioPerl e o projeto de banco de dados de genoma HMMER e Ensembl .
A partir de 2015, o grupo de pesquisa de Birney se concentra em algoritmos genômicos e no estudo de diferenças interindividuais, tanto em humanos quanto em outras espécies. Ele orientou vários alunos de doutorado e pesquisadores de pós-doutorado que trabalharam em seu laboratório. Sua pesquisa foi financiada pelo Conselho de Pesquisa em Biotecnologia e Ciências Biológicas (BBSRC), Conselho de Pesquisa Médica (MRC), Instituto Nacional de Pesquisa do Genoma Humano (NHGRI), Wellcome Trust e União Europeia .
Birney atua como consultor para Oxford Nanopore Technologies e no conselho consultivo científico do Earlham Institute (anteriormente TGAC) em Norwich.
Prêmios e honras
Em 2002, Birney foi nomeado um dos 100 maiores inovadores do mundo com menos de 35 anos da MIT Technology Review TR100 . Em 2003, ele deu a primeira palestra Francis Crick na Royal Society : Em 2005, ele recebeu o Prêmio Overton pela International Society for Computational Biology (ISCB) por sua defesa da bioinformática de código aberto , contribuições para a comunidade BioPerl e liderança do projeto de anotação do genoma Ensembl. Em 2005, Birney recebeu o Prêmio Benjamin Franklin de Bioinformática :
Conforme expresso por seus indicados, Birney tem sido uma força significativa no Código Aberto em Bioinformática e ciência. Ele tem sido um forte defensor de tornar as informações do genoma disponíveis gratuitamente para todos. Seu trabalho co-liderando o projeto Ensembl tornou a anotação do genoma de alta qualidade disponível gratuitamente na web, impedindo um sistema de aulas de laboratórios que podem ou não podem pagar taxas de assinatura de dados proprietários. O projeto trabalhou duro para disponibilizar os dados de várias maneiras para torná-los acessíveis e facilmente disponíveis para mineração. O projeto Ensembl foi de código aberto desde o início, permitindo que pesquisadores e empresas reutilizassem e estendessem o sistema de software. Birney também defendeu a ciência aberta . Junto com Sean Eddy , ele criticou as decisões do jornal de permitir que os artigos fossem publicados sem liberar os dados da sequência do genoma ao mesmo tempo. Ele também é o autor do pacote de ferramentas Wise, disponível gratuitamente, que são partes importantes dos canais de anotação do genoma. Ele atua como co-líder do kit de ferramentas de bioinformática de código aberto Bioperl e também é cofundador e atualmente atua como presidente da Open Bioinformatics Foundation , uma organização que apóia o desenvolvimento de vários kits de ferramentas de bioinformática.
Birney foi premiado como membro da Organização Europeia de Biologia Molecular (EMBO) em 2012 e eleito Fellow da Royal Society (FRS) em 2014 . Seu certificado de eleição e candidatura diz:
Ewan se tornou uma força na genômica devido à sua inovação na análise do genoma, tanto em análises algorítmicas quanto integrativas. Ele escreveu o primeiro programa de alinhamento de proteínas tolerante a erros e com reconhecimento de splice , usado na análise do genoma humano e subsequente; ele foi coautor de um dos primeiros e mais amplamente usados montadores de leitura curta . Em termos de integração de dados , Ewan liderou a análise em muitos consórcios genômicos, em particular ENCODE , liderando a integração de muitos ensaios genômicos; por exemplo, fazer previsões robustas de potencializadores , promotores e sua integração com regiões associadas a doenças. Ele também co-desenvolveu muitos recursos de bioinformática amplamente utilizados.
Em 2014, Birney recebeu o título de Doutor Honorário em Ciências (DSc) da Brunel University London . Em 2015, Birney foi eleito Fellow da Academia de Ciências Médicas (FMedSci). Birney foi nomeado Comandante da Ordem do Império Britânico (CBE) nas Honras de Ano Novo de 2019 .
Vida pessoal
Birney se casou com Barley Laycock em 2003 e tem dois filhos.
Referências
Este artigo incorpora o texto disponível sob a licença CC BY 4.0 .