Biblioteca de software FMRIB - FMRIB Software Library
| Desenvolvedor (s) | Grupo de Análise FMRIB |
|---|---|
| Versão estável | 6.0.1 / 11 de março de 2019
|
| Escrito em | C ++, TCL |
| Sistema operacional | Linux , macOS |
| Disponível em | inglês |
| Modelo | Visualização científica e computação de imagens |
| Licença | Personalizado, não comercial |
| Local na rede Internet | fsl |
A Biblioteca de Software FMRIB , abreviada como FSL , é uma biblioteca de software que contém análise de imagens e ferramentas estatísticas para dados de imagens de ressonância magnética funcionais , estruturais e de difusão .
FSL está disponível como binários pré-compilados e código-fonte para computadores Apple e PC ( Linux ). Ele está disponível gratuitamente para uso não comercial.
Funcionalidade FSL
| Ressonância magnética funcional | |
|---|---|
| PARCERIA | Análise de FMRI baseada em modelo com interface direta, mas poderosa: pré-processamento de dados (incluindo correção de sincronismo de fatia, correção de movimento MCFLIRT e remoção de distorção PRELUDE + FUGUE EPI); Análise de séries temporais de FILM GLM com pré-brilho; registro de imagens estruturais e / ou espaciais padronizadas; e análise de grupos de efeitos mistos totalmente generalizados usando técnicas Bayesianas avançadas . |
| MELÓDICO | Análise de FMRI sem modelo usando Probabilistic Independent Component Analysis (PICA). O MELODIC estima automaticamente o número de fontes de ruído e sinal interessantes nos dados e, devido ao "modelo de ruído" associado, é capaz de atribuir significâncias ("valores p") aos mapas espaciais de saída. |
| FLOBS | Geração de funções básicas de HRF ótimas e estimativa de ativação Bayesiana. |
| SMM | Modelagem de mistura espacial - teste de hipótese alternativa usando modelagem de mistura de histograma com regularização espacial da classificação de voxel em ativação e não ativação. |
| Ressonância Magnética Estrutural | |
| APOSTA /
BET2 |
Brain Extraction Tool - segmenta o cérebro do não-cérebro em dados estruturais e funcionais e modela as superfícies do crânio e do couro cabeludo. |
| SUSAN | Redução de ruído não linear. |
| RÁPIDO | Ferramenta de segmentação automatizada FMRIB - segmentação do cérebro (em diferentes tipos de tecido) e correção de campo de polarização. |
| FLERTE | Ferramenta de registro de imagem linear do FMRIB - registro linear inter e intra-modal. |
| FUGA | Desfaz a distorção geométrica em imagens EPI usando mapas de campo B 0 . |
| SIENA | Análise de alterações estruturais do cérebro, para estimar a atrofia cerebral. |
| Ressonância Magnética de Difusão | |
| FDT | FMRIB's Diffusion Toolbox - ferramentas para reconstrução de parâmetros de difusão de baixo nível e tractografia probabilística. |
| TBSS | Estatísticas Espaciais Baseadas em Tratos (parte da Caixa de Ferramentas de Difusão do FMRIB) - análise voxelwise de dados de difusão de múltiplos sujeitos. |
| Outras ferramentas | |
| Inferência | Várias ferramentas de inferência / limite, incluindo: Randomise (ferramenta de inferência baseada em permutação para limite estatístico não paramétrico), cluster (limite baseado em cluster usando teoria GRF para inferência), FDR (falsa inferência de taxa de descoberta) e Glm (uma GUI para criar design de modelo matrizes). |
| FSLeyes | Ferramenta de exibição interativa para dados 3D e 4D. |
| AVWUTILS | Utilitários diversos para conversão e processamento de imagens. |
História e Desenvolvimento
FSL é escrito principalmente por membros do Grupo de Análise FMRIB (Imagem por Ressonância Magnética Funcional do Cérebro), da Universidade de Oxford, Reino Unido. O primeiro lançamento do FSL foi em 2000; houve aproximadamente um novo lançamento importante a cada ano até o momento. O FMRIB Analysis Group é financiado principalmente pela Wellcome Trust e pelos UK EPSRC e MRC Research Councils.
Veja também
links externos
Referências
- ^ SM Smith. Extração de cérebro automatizada rápida e robusta . Human Brain Mapping, 17 (3): 143-155, novembro de 2002.
- ^ Jenkinson, M., Bannister, P., Brady, JM e Smith, SM Improved Optimization para o registro linear robusto e preciso e correção de movimento de imagens cerebrais . NeuroImage, 17 (2), 825-841, 2002.
- ^ SM Smith, M. Jenkinson, H. Johansen-Berg, D. Rueckert, TE Nichols, CE Mackay, KE Watkins, O. Ciccarelli, MZ Cader, PM Matthews, e TEJ Behrens. Estatísticas espaciais baseadas em tratos: análise Voxelwise de dados de difusão de múltiplos assuntos . NeuroImage, 31: 1487-1505, 2006.