Nikos Kyrpides - Nikos Kyrpides

Nikos Kyrpides (grego: Νίκος Κυρπίδης) é um biocientista grego-americano que trabalhou nas origens da vida , processamento de informações, bioinformática , microbiologia , metagenômica e ciência de dados microbiomas . Ele é um cientista sênior da equipe do Laboratório Nacional de Berkeley , chefe do Prokaryote Super Program e lidera o programa Microbiome Data Science no Joint Genome Institute do Departamento de Energia dos Estados Unidos .

Educação

Kyrpides nasceu em Serres , Grécia , onde estudou biologia na Universidade Aristóteles de Thessaloniki e recebeu seu doutorado em biologia molecular e biotecnologia pela Universidade de Creta . Ele fez pós-doutorado em microbiologia com Carl Woese na University of Illinois at Urbana-Champaign e em bioinformática com Ross Overbeek no Argonne National Laboratory . De 1999 a 2004, Kyrpides trabalhou na indústria de biotecnologia em Chicago , onde liderou o desenvolvimento da análise do genoma e bioinformática. Ele ingressou no Joint Genome Institute (JGI) do Departamento de Energia dos Estados Unidos em 2004 para liderar o Programa de Biologia do Genoma e desenvolver o gerenciamento de dados e as plataformas de análise comparativa para genomas e metagenomas microbianos. Kyrpides se tornou o chefe do Programa de Metagenômica em 2010 e fundou o Prokaryotic Super Program em 2011, que ele ainda lidera com o Microbiome Data Science Group.

Pesquisar

Os primeiros trabalhos de Kyrpides se concentraram nas origens e evolução do código genético . Em colaboração com Christos Ouzounis , ele desenvolveu uma série de hipóteses para a transferência de informações de proteínas para ácidos nucléicos, conhecida como interpretação reversa. Com o advento da genômica , Kyrpides voltou seu interesse para o estudo e compreensão do último ancestral comum universal . Com Ouzounis, ele cunhou a sigla "LUCA" em uma conferência organizada por Patrick Forterre em Les Treilles, França, e realizou algumas das primeiras análises comparativas do genoma para prever o conteúdo do gene do LUCA. O trabalho de Kyrpides nos sistemas de processamento de informações revelou várias relações até então insuspeitadas, sugerindo novos modelos para a evolução desses processos. Ele identificou relações previamente não detectadas entre a maquinaria de tradução eucariótica e bacteriana, sugerindo que os rudimentos de iniciação da tradução estariam presentes no estágio ancestral universal. O trabalho de Kyrpides sobre a evolução da transcrição ajudou a mudar a compreensão da natureza e organização da maquinaria de transcrição de arquea, que (na época) era que a transcrição em Archaea era estritamente semelhante à dos eucariotos. Kyrpides e Ouzounis demonstraram a existência paralela de um grande número de fatores de transcrição do tipo bacteriano em genomas de arquea.

Ele liderou o desenvolvimento de vários sistemas de gerenciamento de dados pioneiros em genômica e metagenômica microbiana, que são amplamente utilizados na comunidade científica (com vários milhares de usuários em todo o mundo). Isso inclui sistemas de gerenciamento de dados e curadoria de projetos de genoma e seus metadados associados, como o Genomes OnLine Database (GOLD), e sistemas de genômica comparativa, como ERGO e Integrated Microbial Genomes (IMG).

A pesquisa atual de Kyrpides se concentra na pesquisa de microbiomas , com ênfase na ciência de dados de microbiomas. Isso inclui a compreensão da estrutura e função de vários microrganismos e comunidades microbianas e a elucidação da dinâmica evolutiva que molda os genomas microbianos. Para conseguir isso, seu grupo está desenvolvendo novos métodos para permitir análises comparativas em grande escala, mineração e visualização de big data . Ele propôs e publicou o primeiro estudo sobre o uso de dados de benchmarking padrão para a avaliação da precisão do método em metagenômica. Essa abordagem se tornou o padrão no campo. Algumas das pesquisas recentes de Kyrpides no microbioma ciência dados incluem a exploração da Terra virome , a identificação de novos filos bacteriana a previsão de novos dobras usando seqüências metagenomic, ea caracterização de novas famílias de proteínas a partir de dados microbioma.

Iniciativas internacionais

Kyrpides iniciou a iniciativa MikroBioKosmos (MBK) na Grécia em 2007, com o objetivo de explorar e usar comercialmente os recursos microbianos nacionais. MikroBioKosmos se tornou uma sociedade científica, com Kyrpides seu primeiro presidente. Ele é membro fundador de duas sociedades de bioinformática na Grécia: a Sociedade Helênica de Biologia Computacional e Bioinformática (HSCBB) em 2010 e a Bioinformática Helênica em 2016. Kyrpides também é membro do conselho do Consórcio Internacional de Padrões Genômicos (GSC), que visa permitem a integração, descoberta e comparação de dados genômicos com padrões internacionais voltados para a comunidade.

Ele começou o projeto da Encyclopedia Genomic of Bacteria and Archaea (GEBA) no JGI and the Microbial Earth Project com Hans-Peter Klenk, Philip Hugenholtz e Jonathan Eisen em 2007, com o objetivo de melhorar a caracterização do genoma de micróbios cultivados filogeneticamente diversos. O último projeto evoluiu para um esforço internacional para sequenciar todos os tipos de cepas de bactérias e arquéias, por meio de uma série de projetos de genoma de 1.000 GEBA. O rápido crescimento das sequências do genoma microbiano no final de 2010, sem um espaço paralelo para a descrição desses projetos de forma padronizada, levou à necessidade de um novo fórum científico que seria uma câmara de compensação para a captura e apresentação dessas informações à comunidade. Essa ideia levou Kyrpides, George Garrity e Dawn Field a lançar uma nova revista científica: Standards in Genomic Sciences (SIGS), que passou a fazer parte da BioMed Central .

Kyrpides propôs o desenvolvimento de uma Administração de Genômica Ambiental Microbiana em 2009, análoga à NASA , para o estudo e exploração da vida mais abundante do planeta. Em 2016, após o enorme crescimento dos dados do microbioma, ele destacou a necessidade de uma infraestrutura comum para a análise dos dados do microbioma e propôs o desenvolvimento de um National Microbiome Data Center (NMDC), posteriormente renomeado para National Microbiome Data Collaborative. Com Emiley Eloe-Fadrosh, Kyrpides organizou o primeiro workshop NMDC para lançar esta iniciativa no Joint Genome Institute. Isso foi seguido por workshops adicionais em 2017, patrocinados pela American Society for Microbiology para promover a iniciativa.

Prêmios e honras

Kyrpides recebeu vários prêmios, incluindo o USFCC / J de 2018. Roger Porter Award da American Society for Microbiology , o 2014 van Niel International Prize for Studies in Bacterial Systematics da International Union of Microbiological Societies (IUMS), um prêmio de 2007 por excelente desempenho do Lawrence Berkeley National Laboratory e o 2012 Academic Excellence Prêmio da Fundação Empirikion. Ele é um membro eleito da American Academy of Microbiology (AAM) (2014), e está na lista da Thomson Reuters dos cientistas mais citados do mundo desde 2014. Um gênero bacteriano ( Kyrpidia ) foi nomeado após Kyrpides em 2011. Em 2017, ele recebeu um doutorado honorário da Universidade Aristóteles de Thessaloniki .

Scholia tem um perfil de autor para Nikos Kyrpides .

Referências