O Porto foi o campeão anterior, tendo derrotado o Vitória de Setúbal por 1–0 na final da temporada anterior. O Porto não conseguiu recuperar o título depois de ter sido derrotado pelo Atlético CP na quarta eliminatória. O Sporting CP derrotou o Belenenses por 1–0 na final e conquistou a sua 14ª Taça de Portugal. Ao vencer a Taça de Portugal, o Sporting CP qualificou-se para a Supertaça Cândido de Oliveira 2007 .
^ 1 Cento e três das cento e quatro equipas que participaram naTerceira Divisão 2006–07, jogaram nesta ronda. O Vitória Setúbal B não conseguiu disputar a taça nacional devido à possibilidade de encontrar a sua equipa sénior na competição. Queluz também não participou.
^ 2 Cinquenta e quatro das cinquenta e seis equipes que participaram daSegunda Divisão 2006–07, jogaram nesta rodada. O Marítimo Bnão conseguiu disputar a taça nacional devido à possibilidade de encontrar a sua equipa principal na competição. Queluz também não participou.
Para o sorteio da primeira fase, as equipes foram sorteadas de acordo com sua localização geográfica. O sorteio foi dividido em quatro secções: equipas do norte, centro, sul e região dos Açores . O sorteio do primeiro turno aconteceu no dia 8 de agosto. Todas as eliminatórias da primeira rodada da copa foram disputadas em 3 de setembro. Devido ao número ímpar de equipas envolvidas nesta fase da competição, o 1º de Dezembro , Canedo , Cartaxo, Lajense, Macedo de Cavaleiros , Penamacorense e União da Serra passaram à fase seguinte. O Vasco da Gama AC estava escalado para jogar contra a Casa Pia , mas perdeu a partida devido ao desistência do clube no início da temporada 2006-07. Na primeira eliminatória da taça, as equipas da Terceira Divisão (IV) iniciaram a competição ao lado de algumas equipas que se inscreveram para a taça das Ligas Distritais de Portugal (V).
O sorteio da terceira rodada aconteceu no dia 30 de outubro. A maioria dos empates da terceira rodada foi disputada em 11 de novembro. Devido ao número ímpar de equipas na competição, a Casa Pia passou à fase seguinte por não ter adversário para enfrentar nesta fase da competição. Na terceira rodada, entraram na competição times da Liga de Honra (II).
O sorteio da quarta rodada aconteceu no dia 28 de novembro. O embate da taça do Sporting CP frente ao União da Madeira foi disputado a 21 de Dezembro, enquanto o embate do Benfica frente ao Oliveira do Bairro a 6 de Janeiro. As restantes eliminatórias foram disputadas a 7 de Janeiro. Devido ao número ímpar de equipes na competição, o Rio Ave avançou para a próxima fase por não ter adversário para enfrentar nesta fase da competição. Na quarta rodada entraram na competição times da Primeira Liga (I).
O sorteio da quarta rodada aconteceu no dia 9 de janeiro. Todas as eliminatórias da copa foram disputadas em 21 de janeiro. Devido ao número ímpar de participantes na competição, o Bragança passou para a fase seguinte por não ter adversário para enfrentar nesta fase da competição.
Os empates foram disputados em 10 de fevereiro. Devido ao número ímpar de participantes envolvidos na Taça de Portugal 2006-07, o Braga se classificou para as quartas de final por não ter nenhum adversário para enfrentar nesta fase da competição.
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