A mudança de regra da última temporada de permitir três jogadores estrangeiros em campo a qualquer momento foi alterada para a temporada 2009-10; um dos três jogadores estrangeiros já deve ter representado o Japão, ser atualmente elegível para representar o Japão ou elegível para representar o Japão no futuro.
As equipes podem colocar um jogador da Asian Rugby Football Union (ARFU) fora das restrições acima para jogadores estrangeiros. Esse jogador asiático pode ter representado outro país nos níveis Teste, A ou Sevens, desde que esse país seja um membro sindical da ARFU.
Na última temporada, os seis primeiros colocados se classificaram automaticamente para o campeonato nacional; no entanto, nesta temporada os quatro primeiros se classificam, com as equipes que terminam em 5º a 10º disputando as duas eliminatórias da Top League restantes.
Quatro pontos por vitória, dois por empate, um ponto de bônus por quatro tentativas ou mais (BP1) e um ponto de bônus por perder por sete ou menos (BP2).
Se as equipes estiverem empatadas em qualquer estágio, os desempates serão aplicados na seguinte ordem:
• Diferença entre pontos a favor e contra
• Número total de pontos por
• Número de partidas vencidas
• Número agregado de pontos marcados em partidas entre equipes empatadas
• Número de partidas vencidas excluindo a primeira partida, depois a segunda e assim por diante até que o empate seja resolvido
Os quatro melhores times da temporada regular competiram pelo Top League Championship (os play-offs não foram patrocinados para a temporada 2009-10). As equipes concorrentes eram Toshiba Brave Lupus, Sanyo Wild Knights, Toyota Verblitz e Suntory Sungoliath.
As equipes da Top League classificadas em 7º e 10º disputaram pelo direito de enfrentar a equipe da Top League classificada em 5º na segunda rodada. As equipes da Top League classificadas em 8º e 9º disputaram pelo direito de encontrar a equipe da Top League classificada em 6º na segunda rodada.
Assim, a Coca-Cola West Red Sparks e a NEC avançaram para o segundo turno.
Segunda rodada
A equipe da Top League ficou em 5º lugar contra o vencedor das equipes classificadas em 7º e 10º, e a equipe da Top League em 6º lugar no desempate contra o vencedor das equipes classificadas em 8º e 9º. As duas equipes vencedoras da segunda fase avançaram para o Campeonato Japonês de Futebol de Rúgbi.
Assim, Kobe e NEC avançaram para o Campeonato Japonês de Futebol de Rúgbi.
Duas partidas de promoção / rebaixamento (Irekaesen) foram disputadas. O time Top League classificado em 12º disputado contra o time Challenge 1 classificado em 3º, e o time Top League classificado em 11º colocado no play-off contra o time Challenge 2 classificado em 1º. Os vencedores foram incluídos na Liga Principal da temporada seguinte.