Com a Confederação Asiática de Futebol revisando o formato da Liga dos Campeões da AFC e fazendo mudanças significativas na forma como a competição é conduzida, as equipes que se classificaram para a Copa da AFC também são de países diferentes em comparação com as edições anteriores.
3 equipas que não cumpriram os critérios para participar nos play-offs de qualificação da Liga dos Campeões da AFC de 2009 (de modo que cada federação tinha uma equipa adicional para se qualificar):
O sorteio da fase de grupos foi realizado em 12 de janeiro de 2009 em Kuala Lumpur , Malásia .
Cada clube joga round robin duplo (em casa e fora) contra outros três membros do grupo, num total de 6 partidas cada. Os clubes recebem 3 pontos por vitória, 1 ponto por empate e 0 pontos por derrota. Os clubes são classificados de acordo com os pontos e os desempates estão na seguinte ordem:
Maior número de pontos obtidos nas partidas do grupo entre as equipes em questão;
Diferença de golos resultantes dos jogos do grupo entre as equipas em causa; ( Metas de distância não se aplicam)
Maior número de gols marcados nas partidas do grupo entre as equipes em questão; ( Metas de distância não se aplicam)
Diferença de gols em todas as partidas do grupo;
Maior número de gols marcados em todas as partidas do grupo;
Pontapés da marca de grande penalidade se apenas duas equipes estiverem envolvidas e ambas estiverem no campo de jogo;
Menor pontuação calculada de acordo com o número de cartões amarelos e vermelhos recebidos nas partidas do grupo; (1 ponto para cada cartão amarelo, 3 pontos para cada cartão vermelho como consequência de dois cartões amarelos, 3 pontos para cada cartão vermelho direto, 4 pontos para cada cartão amarelo seguido de um cartão vermelho direto)
Sorteio.
Vencedores e segundos classificados de cada grupo qualificam-se para a próxima fase.
O sorteio das oitavas de final da Taça AFC de 2009 foi realizado a 12 de Janeiro de 2009, juntamente com o sorteio da fase de grupos. As partidas da Ásia Ocidental foram disputadas em 26 de maio, enquanto as partidas da Ásia Oriental foram disputadas em 23 de junho.
O sorteio para as quartas de final e as demais rodadas eliminatórias ocorreu em Kuala Lumpur , Malásia , em 29 de junho de 2009, a partir das 19h30. Os jogos da primeira mão foram disputados a 15 de setembro, com os jogos da segunda mão disputados a 30 de setembro.