Proteômica baseada em atividade - Activity-based proteomics

Fluorofosfonato - sonda baseada em atividade de rodamina (FP-Rodamina) para o perfil da superfamília de serina hidrolase . Neste sonda o fluorophosphonate é o grupo reactivo (RG), uma vez que se liga irreversivelmente ao local activo serina nucleófilo de serina-hidrolases e a etiqueta é rodamina , um fluoróforo para em- gel de visualização.

Proteómica-actividade com base , ou perfis de proteína à base de actividade ( ABPP ) é uma funcional proteomic tecnologia que utiliza sondas químicos que reagem com as classes mecanisticamente relacionadas de enzimas.

Descrição

A unidade básica do ABPP é a sonda, que normalmente consiste em dois elementos: um grupo reativo (RG, às vezes chamado de "ogiva") e uma tag. Além disso, algumas sondas podem conter um grupo de ligação que aumenta a seletividade. O grupo reativo geralmente contém um eletrófilo especialmente projetado que se torna covalentemente ligado a um resíduo nucleofílico no sítio ativo de uma enzima ativa . Uma enzima que é inibida ou modificada pós-tradução não reagirá com uma sonda baseada em atividade. O marcador pode ser um repórter, como um fluoróforo, ou um marcador de afinidade, como biotina ou um alcino ou azida para uso com a cicloadição 1,3-dipolar de Huisgen (também conhecida como química de clique ).

Vantagens

Uma grande vantagem do ABPP é a capacidade de monitorar a disponibilidade do sítio ativo da enzima diretamente, em vez de se limitar à abundância de proteína ou mRNA. Com classes de enzimas como as serina hidrolases e metaloproteases que frequentemente interagem com inibidores endógenos ou que existem como zimogênios inativos , esta técnica oferece uma vantagem valiosa sobre as técnicas tradicionais que dependem da abundância em vez da atividade.

Tecnologia de identificação de proteína multidimensional

In- gel ABPP usando sondas com diferentes fluoróforos na mesma pista para simultaneamente traçar diferenças nas atividades enzimáticas

Nos últimos anos, o ABPP foi combinado com a espectrometria de massa em tandem, permitindo a identificação de centenas de enzimas ativas de uma única amostra. Esta técnica, conhecida como ABPP-MudPIT (tecnologia de identificação de proteína multidimensional) é especialmente útil para a seletividade do inibidor de perfil, pois a potência de um inibidor pode ser testada contra centenas de alvos simultaneamente.

ABPP foi relatado pela primeira vez na década de 1990 no estudo de proteases.

Veja também

Referências