BindingDB - BindingDB
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| Conteúdo | |
| Descrição | banco de dados de química |
| Tipos de dados capturados |
As moléculas com propriedades medicamentosas e actividade biológica |
| Contato | |
| autores | Michael Gilson, Team Leader |
| citação primária | PMID 17145705 |
| Data de lançamento | 1995 |
| Acesso | |
| Local na rede Internet | BindingDB |
| Baixar URL | Transferências |
| Diversos | |
| Licença | Os dados BindingDB é disponibilizado em uma Creative Commons Attribution-Share Alike 3.0 Unported |
BindingDB é uma base de dados pública, web acessível de afinidades de ligação medidos, concentrando-se principalmente sobre as interacções de proteínas considerados candidatos de droga-alvos com ligandos que são moléculas pequenas, fármacos semelhantes. A partir de março de 2011, BindingDB contém cerca de 650.000 dados de ligação, para 5.700 alvos de proteína e 280.000 pequenas moléculas. BindingDB também inclui uma pequena coleção de host-convidado de dados de interesse para os químicos que estudam sistemas supramoleculares vinculativo.
O objectivo da BindingDB é apoiar química medicinal e da descoberta de drogas através da consciência literatura e desenvolvimento das relações estrutura-actividade (SAR e QSAR); validação da química computacional e modelagem molecular abordagens, tais como acoplamento , de pontuação e métodos de energia livre; biologia química e químicas genómica; e estudos de base da química física de reconhecimento molecular .
A recolha de dados deriva de uma variedade de técnicas de medição, incluindo a inibição da enzima e cinética, calorimetria de titulação isotérmica, RMN, e os ensaios de radioligando e de concorrência. BindingDB inclui dados extraídos a partir da literatura científica pelo projecto BindingDB, seleccionados PubChem bioensaios de confirmação, e ChEMBL entradas para as quais é fornecida uma proteína-alvo bem definida ( "TARGET_TYPE = 'PROTEÍNA'").
História e Financiamento
O projeto BindingDB foi concebido em meados dos anos 1990, com base no reconhecimento do amplo valor dos dados de afinidade quantitativos e a inadequação dos artigos de jornal como um meio de tornar acessíveis esses dados. A NIST oficina -sponsored em Setembro de 1997 validaram o conceito e financiamento da NSF e NIST habilitado desenvolvimento inicial do banco de dados com uma coleção de dados para sistemas de muitos tipos, incluindo proteína-ligante, proteína-proteína, e host-convidado de ligação . No entanto, espera que o banco de dados seria povoada principalmente por meio de depoimentos de experimentalistas não foram confirmadas, e ficou claro que o projeto teria que assumir a responsabilidade de extrair dados a partir da literatura. Dada a imensidade da literatura reconhecimento molecular e limitações nos recursos disponíveis, isto significava que a criação de um banco de dados útil exigiria limitando a atenção para um conjunto bem definido de dados de ligação de elevado valor.
Foi tomada a decisão de se concentrar em dados para pequenas moléculas de ligação com proteínas que são drogas-alvos, ou drogas potenciais-alvos, e para que a estrutura tridimensional está disponível no APO ou pode potencialmente ser modelado para alta precisão baseado na estrutura de uma proteína semelhante. Esta escolha ajudaria droga-descoberta para os alvos seleccionados, bem como o desenvolvimento de ambos os métodos baseados na estrutura de base e ligando-ligando de-concepção computacional. Este é o foco atual de BindingDB, que é liderado por Michael Gilson , com base na UC San Diego ‘s Skaggs Escola de Farmácia e Ciências Farmacêuticas , e apoiado por uma concessão do NIH .
capacidades
-Interface web do BindingDB oferece uma gama de ferramentas de navegação, consulta e download de dados. Estes incluem a navegação pelo nome de um alvo proteína ou por citação do jornal, consulta por similaridade química e subestrutura, e os downloads por resultado alvo ou consulta.