A temporada de 1999-2000 da NBA foi a 33ª temporada dos Nets na National Basketball Association , e a 24ª temporada em East Rutherford, New Jersey . Durante a entressafra, o Nets readquiriu Johnny Newman do Los Angeles Clippers e recontratou o agente livre Sherman Douglas . Sem Jayson Williams , que perdeu toda a temporada com uma lesão na perna, o Nets lutou ao perder 15 de seus primeiros 17 jogos, mas acabaria ganhando 13 de seus próximos 18 jogos e se encontraria perto do final do playoff com um 31-40 recorde em 30 de março. No entanto, uma série de contusões no final da temporada custou ao time a perda de seus onze jogos finais, terminando em sexto na Divisão do Atlântico com um recorde de 31-51.
Durante a temporada de 1999–2000, vários Nets alcançaram marcos diferentes. Stephon Marbury deu sua 2.000ª assistência e Kendall Gill marcou seu 10.000º ponto na carreira. Marbury liderou a equipe com 22,2 pontos e 8,4 assistências por jogo, e foi nomeado para a Terceira Equipe All-NBA. Gill liderou a equipe com 139 roubos de bola no total, classificando-o em nono lugar na liga. Keith Van Horn terminou em segundo lugar na equipe com 19,2 pontos por jogo. Após a temporada, o técnico Don Casey foi demitido, Scott Burrell e Gheorghe Mureșan foram ambos liberados para a agência gratuita e Williams se aposentou.
O centro Jayson Williams perdeu toda a temporada devido a uma lesão na perna.
Temporada regular
O Nets começou a temporada em 2-15, um recorde de franquia baixo. Apesar do início ruim, o Nets se recuperou para competir por uma vaga no playoff. O Nets ainda estava vivo na corrida para os playoffs no início de abril, faltando três semanas para o final da temporada. Após a primeira semana de abril, a equipe estava sem seu artilheiro, Stephon Marbury, que lutava com lesões nos joelhos. Outras lesões incluíram o novato Evan Eschmeyer (tornozelo) e o armador Kerry Kittles (joelho). O Nets foi oficialmente eliminado da disputa dos playoffs em 7 de abril, após uma derrota por 103-85 para o Miami Heat . A equipe terminou a temporada perdendo seus 11 jogos finais do ano.