DrugBank - DrugBank
Contente | |
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Descrição | Banco de dados de drogas |
Tipos de dados capturados |
Estruturas químicas, drogas de pequenas moléculas, drogas biotecnológicas, alvos de drogas, transportadores de drogas, sequências alvo de drogas, SNPs alvo de drogas, metabólitos de drogas, descrições de drogas, associações de doenças, dados de dosagem, alimentos e interações medicamentosas, reações adversas a medicamentos, farmacologia, mecanismos de ação , metabolismo de drogas, síntese química, dados de patentes e preços, propriedades químicas, nomenclatura, sinônimos, taxonomia química, espectros de NMR de drogas, espectros de GC-MS de drogas, espectros de LC-MS de drogas |
Contato | |
Centro de Pesquisa | University of Alberta e The Metabolomics Innovation Centre, Alberta, Canadá |
Laboratório | Dr. David Wishart |
Citação primária | DrugBank: um recurso abrangente para a descoberta e exploração de medicamentos in silico. |
Acesso | |
Local na rede Internet | www |
URL de download | www |
Diversos | |
Frequência de liberação de dados |
A cada 2 anos com correções e atualizações mensais |
Política de curadoria | Com curadoria manual |
O banco de dados DrugBank é um banco de dados on-line abrangente e de livre acesso que contém informações sobre drogas e alvos de drogas criadas e mantidas pela University of Alberta e pelo The Metabolomics Innovation Centre localizado em Alberta , Canadá . Como um recurso de bioinformática e quiminformática , o DrugBank combina dados detalhados de medicamentos (ou seja, químicos, farmacológicos e farmacêuticos) com informações abrangentes sobre o alvo do medicamento (ou seja, sequência, estrutura e via). DrugBank usou conteúdo da Wikipedia ; A Wikipedia também costuma ter links para o Drugbank, apresentando possíveis problemas de relatórios circulares .
O site DrugBank Online está disponível ao público como um recurso de acesso gratuito. No entanto, o uso e a redistribuição de conteúdo do DrugBank Online ou dos Dados do DrugBank subjacentes, no todo ou em parte, e para qualquer finalidade, requerem uma licença. Os usuários acadêmicos podem se inscrever para obter uma licença gratuita para determinados casos de uso, enquanto todos os outros usuários exigem uma licença paga.
O lançamento mais recente do banco de dados (versão 5.0) contém 9591 entradas de drogas, incluindo 2037 drogas de pequenas moléculas aprovadas pela FDA , 241 drogas biotecnológicas ( proteínas / peptídeos ) aprovadas pela FDA , 96 nutracêuticos e mais de 6000 drogas experimentais . Além disso, 4270 sequências de proteínas não redundantes (isto é, droga alvo / enzima / transportador / transportador) estão ligadas a essas entradas de droga. Cada entrada DrugCard (Fig. 1) contém mais de 200 campos de dados, com metade das informações sendo dedicada a dados de drogas / produtos químicos e a outra metade dedicada a dados de proteínas ou alvos de drogas.
Quatro bancos de dados adicionais, HMDB, T3DB, SMPDB e FooDB também fazem parte de um conjunto geral de bancos de dados metabolômicos / quiminformáticos . HMDB contém informações equivalentes sobre mais de 40.000 metabólitos humanos, T3DB contém informações sobre 3100 toxinas comuns e poluentes ambientais , SMPDB contém diagramas de vias para cerca de 700 vias metabólicas humanas e vias de doenças, enquanto FooDB contém informações equivalentes sobre ~ 28.000 componentes alimentares e aditivos alimentares .
Histórico de versão
A primeira versão do DrugBank foi lançada em 2006. Esta versão inicial continha informações relativamente modestas sobre 841 drogas de pequenas moléculas aprovadas pela FDA e 113 drogas biotecnológicas. Ele também incluiu informações sobre 2.133 alvos de drogas. A segunda versão do DrugBank foi lançada em 2009. Esta versão ampliada e aprimorada do banco de dados incluiu 1.344 medicamentos de pequenas moléculas e 123 medicamentos biotecnológicos, bem como 3.037 alvos exclusivos de medicamentos. A versão 2.0 também incluiu, pela primeira vez, drogas retiradas e drogas ilícitas , extensas interações alimentos-drogas e drogas-drogas, bem como parâmetros ADMET (absorção, distribuição, metabolismo, excreção e toxicidade). A versão 3.0 foi lançada em 2011. Esta versão continha 1.424 medicamentos de pequenas moléculas e 132 medicamentos biotecnológicos, bem como> 4.000 alvos exclusivos de medicamentos. A versão 3.0 também incluiu dados do transportador de medicamentos, dados de vias de medicamentos, preços de medicamentos, dados de patentes e de fabricação, bem como dados sobre mais de 5.000 medicamentos experimentais. A versão 4.0 foi lançada em 2014. Esta versão incluía 1558 medicamentos de pequenas moléculas aprovados pela FDA, 155 medicamentos biotecnológicos e 4200 alvos exclusivos de medicamentos. A versão 4.0 também incorporou informações extensas sobre metabólitos de drogas (estruturas e reações), taxonomia de drogas, espectros de drogas, constantes de ligação de drogas e informações de síntese de drogas. A Tabela 1 fornece um resumo estatístico mais completo da história do desenvolvimento do DrugBank.
Categoria | 1.0 | 2.0 | 3,0 | 4,0 |
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Nº de campos de dados por DrugCard | 88 | 108 | 148 | 208 |
Número de tipos de pesquisa | 8 | 12 | 16 | 18 |
Nº de vias de ação de drogas ilustradas | 0 | 0 | 168 | 232 |
Nº de drogas com dados de metabolização de enzimas | 0 | 0 | 762 | 1.037 |
Nº de metabólitos de drogas com estruturas | 0 | 0 | 0 | 1.239 |
Nº de reações de metabolismo de drogas | 0 | 0 | 0 | 1.308 |
Nº de vias de metabolismo de drogas ilustradas | 0 | 0 | 0 | 53 |
Nº de drogas com dados do transportador de drogas | 0 | 0 | 516 | 623 |
Nº de medicamentos com informações de classificação taxonômica | 0 | 0 | 0 | 6.713 |
Nº de efeitos de drogas associados a SNP | 0 | 0 | 113 | 201 |
Nº de medicamentos com patente / preços / dados do fabricante | 0 | 0 | 1.208 | 1.450 |
Nº de interações alimentos-medicamentos | 0 | 714 | 1.039 | 1.180 |
Nº de interações medicamentosas | 0 | 13.242 | 13.795 | 14.150 |
Nº de parâmetros ADMET (Caco-2, LogS) | 0 | 276 | 890 | 6.667 |
Nº de parâmetros QSAR por medicamento | 5 | 6 | 14 | 23 |
Número de medicamentos com dados de constante de ligação do medicamento ao alvo | 0 | 0 | 0 | 791 |
Nº de drogas com espectro de NMR | 0 | 0 | 0 | 306 |
Nº de drogas com espectro de MS | 0 | 0 | 0 | 384 |
Nº de medicamentos com informações de síntese química | 0 | 38 | 38 | 1.285 |
Nº de medicamentos de pequenas moléculas aprovados pela FDA | 841 | 1.344 | 1.424 | 1.558 |
Nº de drogas biotecnológicas | 113 | 123 | 132 | 155 |
Nº de drogas nutracêuticas | 61 | 69 | 82 | 87 |
Nº de drogas retiradas | 0 | 57 | 68 | 78 |
Nº de drogas ilícitas | 0 | 188 | 189 | 190 |
Nº de drogas experimentais | 2.894 | 3.116 | 5.210 | 6.009 |
Nº total de medicamentos experimentais e de pequenas moléculas da FDA | 3.796 | 4.774 | 6.684 | 7.561 |
Nº total de medicamentos experimentais e FDA (todos os tipos) | 3.909 | 4.897 | 6.816 | 7.713 |
Nº de todos os alvos de drogas (único) | 2.133 | 3.037 | 4.326 | 4.115 |
Nº de enzimas / transportadores de drogas aprovadas (único) | 0 | 0 | 164 | 245 |
Nº de todas as enzimas / transportadores de drogas (único) | 0 | 0 | 169 | 253 |
Número de links de banco de dados externo | 12 | 18 | 31 | 33 |
Escopo e acesso
Todos os dados do DrugBank são derivados de fontes públicas não proprietárias. Quase todos os itens de dados são totalmente rastreáveis e explicitamente referenciados à fonte original. Os dados do DrugBank estão disponíveis por meio de uma interface pública da web.
Os usuários podem consultar o DrugBank de várias maneiras:
- São suportadas consultas de texto simples de todo o componente textual do banco de dados. Clicar no botão Browse gera uma sinopse tabular do conteúdo do DrugBank. Esta visualização permite aos usuários rolar casualmente pelo banco de dados ou reorganizar seu conteúdo (Fig. 2).
- Clicar em um determinado botão DrugCard exibe o conteúdo completo dos dados do medicamento correspondente. Uma explicação completa de todos os campos e fontes do DrugCard é fornecida aqui.
- O botão PharmaBrowse permite aos usuários navegar pelos medicamentos agrupados por sua indicação. Isso é particularmente útil para farmacêuticos e médicos, mas também para pesquisadores farmacêuticos em busca de pistas de medicamentos em potencial.
- O botão ChemQuery permite que os usuários desenhem (usando applets ChemAxon ) ou escrevam (como uma string SMILES ) um composto químico e pesquisem no DrugBank por produtos químicos semelhantes ou idênticos ao composto da consulta (Fig. 3).
- O botão TextQuery oferece suporte a uma pesquisa de texto mais sofisticada (correspondências parciais de palavras, distinção entre maiúsculas e minúsculas , erros ortográficos, etc.) da parte do texto do DrugBank.
- O botão SeqSearch permite que os usuários conduzam pesquisas de sequência BLAST (proteína) das 18.000 sequências contidas no DrugBank. Ambas as consultas BLAST de sequência única e múltipla (ou seja, proteoma inteiro ) são suportadas.
- O botão Extrator de dados abre uma ferramenta de pesquisa de consulta relacional fácil de usar que permite aos usuários selecionar ou pesquisar várias combinações de subcampos. O Data Extractor é a ferramenta de busca mais sofisticada do DrugBank.
Os usuários podem acompanhar as últimas notícias sobre o DrugBank por meio de feeds de notícias regulares em seu site, bem como por meio do Twitter e do Facebook.
Veja também
- ChEMBL
- Metabolismo de drogas
- HMDB
- KEGG
- Lista de bancos de dados biológicos
- Farmacologia
- SMPDB
- T3DB
- Banco de dados de alvos terapêuticos