26 nações no total entraram na fase de qualificação. A FIFA rejeitou as inscrições de Maurício e Moçambique devido às dívidas pendentes, deixando 24 países para disputar as vagas de qualificação. Lesoto , Ruanda e Togo desistiram após o empate da primeira rodada, que aconteceu em 12 de dezembro de 1987, mas antes de jogar uma partida. A Líbia venceu o empate no primeiro turno e avançou para o segundo turno, mas desistiu no meio dessa fase, o que significa que todos os resultados no grupo foram anulados.
Primeira rodada : Argélia , Camarões , Costa do Marfim , Egito , Quênia , Marrocos , Nigéria e Zaire , as oito seleções mais bem classificadas pela FIFA, receberam byes e avançaram diretamente para a segunda rodada. As dezesseis equipes restantes foram colocadas em duplas para disputar as eliminatórias em casa e fora. Os vencedores avançariam para o segundo turno.
Segunda Rodada : Os oito vencedores da primeira fase juntaram-se aos oito times classificados e divididos em quatro grupos de quatro times cada. As equipes jogariam umas contra as outras em casa e fora. Os vencedores dos grupos avançariam para a Rodada Final.
Rodada final : As quatro equipes restantes formaram duplas para disputar as eliminatórias em casa e fora. Os vencedores se classificariam.
Oito empates nocaute (de duas pernas) foram originalmente exigidos, envolvendo os dezesseis países africanos com classificação mais baixa. A retirada de três times significou que apenas cinco empates foram realmente disputados. As oito equipes bem-sucedidas avançaram para o formato de grupo da segunda rodada.
As oito eliminatórias da primeira fase foram acompanhadas pelas oito equipes CAF mais bem classificadas. As equipes foram divididas em quatro grupos de quatro que jogaram um round robin em casa e fora, com os quatro vencedores dos grupos avançando para a rodada final.
Os quatro vencedores dos grupos da segunda fase foram empatados em dois empates. O vencedor de cada eliminatória a duas mãos qualificou-se para o Campeonato do Mundo FIFA de 1990 .