Grupo BGI - BGI Group
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| Modelo | Empresa privada |
|---|---|
| Indústria |
Biotecnologia de sequenciamento de genoma |
| Fundado | 9 de setembro de 1999 (Pequim) |
| Fundador |
Wang Jian Yu Jun Yang Huanming Liu Siqi |
| Quartel general | Shenzhen, Guangdong, China |
Número de locais |
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Área servida |
No mundo todo |
Pessoas chave |
Wang Jian (presidente, presidente) |
| Produtos | Plataforma DNBseq (plataforma de sequenciamento de última geração), The NIFTY Test (um teste pré-natal não invasivo) |
| Marcas | DNBseq ™, NIFTY® |
| Receita |
 $ 251 milhões (2016)
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$ 51,7 milhões (2016)
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| Proprietário | Wang Jian |
Número de empregados |
~ 6.000 (em todo o mundo) |
| Divisões | BGI China (continente) BGI Ásia Pacífico BGI Américas BGI Europa (Europa e África) |
| Subsidiárias | Lista de subsidiárias:
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| Local na rede Internet | www.genomics.cn |
BGI , atualmente conhecido como BGI Group , anteriormente conhecido como Beijing Genomics Institute , é uma empresa chinesa de sequenciamento de genoma , com sede em Shenzhen , Guangdong , China.
Foi formada em 1999 para participar do Projeto Genoma Humano como um centro de pesquisa genética. Ele também sequencia genomas de outros animais, plantas e microorganismos. A empresa se transformou de um instituto de pesquisa que decodificou o DNA de pandas e plantas de arroz em uma empresa ativa em clonagem animal, testes de saúde e pesquisa de contrato, enquanto sua pesquisa anterior sem fins lucrativos foi continuada pelo Instituto de Genômica de Pequim , chinês Academia de Ciências que se dividiu em 2006, juntamente com seus braços sem fins lucrativos BGI Research e China National GeneBank .
Em 2021, detalhes vieram à tona sobre várias controvérsias envolvendo o Grupo BGI. Essas controvérsias incluem a suposta colaboração com o Exército de Libertação do Povo (PLA) e o uso de dados genéticos de testes pré - natais , que chegam a milhões, para "mapear a prevalência de vírus em mulheres chinesas, procurar indicadores de doença mental nelas e solteiras as minorias tibetanas e uigures para encontrar ligações entre seus genes e suas características. " O BGI negou que compartilhe dados genéticos pré-natais com o PLA, afirmando que “Todos os dados do NIPT coletados no exterior são armazenados no laboratório do BGI em Hong Kong e são destruídos após cinco anos, conforme estipulado pelo Regulamento Geral de Proteção de Dados (GDPR)”.
História
Wang Jian , Yu Jun, Yang Huanming e Liu Siqi criaram o BGI em setembro de 1999, em Pequim, China, como um instituto de pesquisa independente não governamental para participar do Projeto Genoma Humano como representante da China. Depois que o projeto foi concluído, o financiamento acabou, após o que a BGI mudou-se para Hangzhou em troca de financiamento do Governo Municipal de Hangzhou. Em 2002, o BGI sequenciou o genoma do arroz , que foi matéria de capa na revista Science . Em 2003, a BGI decodificou o genoma do vírus SARS e criou um kit para detecção do vírus. Em 2003, a Academia Chinesa de Ciências fundou o Instituto de Genômica de Pequim em cooperação com a BGI, com Yang Huanming como seu primeiro diretor. BGI Hangzhou e a Universidade de Zhejiang também fundaram um novo instituto de pesquisa, o Instituto James D. Watson de Ciências do Genoma, Universidade de Zhejiang . O Watson Institute pretendia se tornar um importante centro de pesquisa e educação no Leste Asiático, inspirado no Cold Spring Harbor Laboratory nos Estados Unidos.
Em 2007, a sede da BGI mudou para Shenzhen como "a primeira instituição de pesquisa sem fins lucrativos administrada por cidadãos na China". Yu Jun deixou a BGI neste momento, supostamente vendendo sua participação para os outros 3 fundadores por uma soma nominal. Em 2008, a BGI-Shenzhen foi oficialmente reconhecida como uma organização sem fins lucrativos pelo governo de Shenzhen. Em 2008, o BGI publicou o primeiro genoma humano de um indivíduo asiático.
Em 2010, a BGI Shenzhen foi certificada como atendendo aos requisitos do padrão ISO9001: 2008 para o projeto e fornecimento de serviços de sequenciamento de alto rendimento. No mesmo ano, a BGI comprou 128 máquinas de sequenciamento de genes Illumina HiSeq 2000, que foi apoiado por US $ 1,5 bilhão em " fundos colaborativos "nos próximos 10 anos do Banco de Desenvolvimento da China . No final do ano, eles teriam um orçamento de US $ 30 milhões. Em 2010, a BGI Americas foi estabelecida com seu escritório principal em Cambridge, Massachusetts , EUA, e a BGI Europe foi estabelecida em Copenhagen , Dinamarca. Em 2018, eles foram expandidos com escritórios e laboratórios em Seattle e San Jose nos EUA, e em Londres no Reino Unido, e também foi fundada a BGI Asia Pacific com escritórios em Hong Kong , Kobe (Japão), Bangkok (Tailândia), Laos , Cingapura , Brisbane (Austrália) e muitos outros.
Em 2011, a BGI relatou que empregava 4.000 cientistas e técnicos e tinha uma receita de $ 192 milhões. A BGI fez o sequenciamento do genoma do mortal surto de E. coli O104: H4 na Alemanha em 2011 em três dias e o lançou sob uma licença aberta. Desde 2012, ele começou a comercializar seus serviços, tendo investimentos de China Life Insurance Company , Goldstone Investimento do Citic, Jack Ma 's Yunfeng Capital , e SoftBank China Capital. Naquele ano, eles também lançaram seu próprio jornal científico, GigaScience , em parceria com a BioMed Central para publicar artigos científicos com muitos dados. Em 2013, a BGI relatou que tinha relacionamentos com 17 das 20 maiores empresas farmacêuticas globais e anunciou que fornecia serviços comerciais de ciência, saúde, agricultura e informática para empresas farmacêuticas globais. Naquele ano, ela comprou a Complete Genomics de Mountain View, Califórnia , uma importante fornecedora de tecnologia de sequenciamento de DNA, por US $ 118 milhões. No mesmo ano, o BGI foi avaliado aproximadamente em US $ 820 milhões.
Em 2015, eles assinaram uma colaboração com o Centro de Medicina Clínica de Precisão do Zhongshan Hospital em Xangai, inaugurado em maio de 2015 com um orçamento de ¥ 100 milhões. Eles estão supostamente envolvidos como uma instituição de sequenciamento no projeto de pesquisa de US $ 9,2 bilhões da China para cuidados médicos, que durará 15 anos. Em maio de 2017, foi anunciada a formação do West Coast Innovation Center, co-localizado em Seattle e San Jose, no primeiro local planejado para trabalhar em medicina de precisão e apresentar colaborações com a Universidade de Washington , o Instituto Allen para Ciência do Cérebro , o Bill & Melinda Gates Foundation e Washington State University , enquanto no segundo laboratório já existente com 100 funcionários para desenvolver as tecnologias de sequenciamento de próxima geração . Em maio de 2018, foi firmado um acordo com o Hospital Mount Sinai (Toronto) , Canadá, para a primeira instalação das plataformas BGISEQ na América do Norte.
A subsidiária do BGI Group, BGI Genomics, fez oferta pública inicial em julho de 2017 na Bolsa de Valores de Shenzhen , levantando ¥ 547 milhões ($ 80,7 milhões), com a avaliação do primeiro dia da empresa definida em mais de $ 1,15 bilhão. Em 2018, o BGI era supostamente 85,3% de propriedade de Wang Jian , e o grupo possui 42,4% de sua unidade principal BGI Genomics. O valor de mercado relatado para BGI Genomics em julho de 2018 foi de cerca de US $ 5 bilhões, assim como de outra subsidiária, MGI Tech, especializada em desenvolvimento e tecnologia de fabricação, cujo IPO de uma participação de cerca de 20% por US $ 1 bilhão está programado para 2019 em Hong Kong .
Principais realizações
- Primeiro a sequenciar de novo e montar genomas de mamíferos e humanos com sequenciamento de leitura curta (denominado " sequenciamento de próxima geração ")
- Sequenciou o genoma do primeiro humano antigo a partir do cabelo preservado por permafrost de aproximadamente 4.000 anos de um Palaeo-esquimó extinto
- Sequenciou o primeiro genoma diplóide de um indivíduo asiático, como parte do projeto Yan Huang
- Iniciada a construção de um mapa de sequência do pan-genoma humano , estimado em 19-40 milhões de bases que não estão no genoma humano de referência
- O primeiro projeto do BGI contribuiu com 1% do genoma de referência do Projeto Genoma Humano e foi o único instituto no mundo em desenvolvimento a contribuir
- Contribuiu com 10% das informações de sequência para o Projeto Internacional HapMap
- Produziu estudo de prova de princípio para sequenciamento do microbioma do sistema digestivo humano, cerca de 150 vezes maior que o genoma humano
- Centro de sequenciamento chave no Projeto 1000 Genomes
- Primeira instituição chinesa a sequenciar o vírus da síndrome respiratória aguda severa (SARS), poucas horas após o primeiro sequenciamento do vírus pelos canadenses
- Participante principal no lançamento de dados de código aberto e análise do surto de E. coli O104: H4 em 2011
- Sequenciou 40 bichos-da-seda domesticados e selvagens , identificando 354 genes provavelmente importantes na domesticação.
- Sequenciou o primeiro genoma do panda gigante , igual em tamanho ao genoma humano, em menos de 8 meses. O sequenciamento revelou que o panda gigante, Ailuropoda melanoleuca , tem uma mutação de frameshift em um gene envolvido na detecção de sabores salgados, T1R1 . A mutação pode ser a razão genética pela qual o panda prefere o bambu à carne. No entanto, o panda também carece de genes esperados para a digestão do bambu, então seu microbioma pode desempenhar um papel fundamental no metabolismo de sua principal fonte de alimento.
- Jogador-chave no Projeto Sino-Britânico do Genoma da Galinha
- A partir de 2010, os genomas de plantas sequenciados incluem arroz , pepino , soja e sorgo . Os genomas animais sequenciados incluem bicho -da- seda , abelha melífera , pulga d'água , lagarto e panda gigante . Outras 40 espécies de animais e plantas e mais de 1000 bactérias também foram sequenciadas.
- Em 2010, a Nature classificou a BGI Shenzhen como a 4ª entre as 10 melhores instituições na China, com todas as outras sendo universidades e a Academia Chinesa de Ciências . A classificação foi baseada em artigos emrevistas de pesquisa da Nature . Em 2016, liderava a lista de instituições corporativas na China e também era a 13ª instituição corporativa em escala global. Em 2017, entre as colaborações acadêmico-corporativas mais produtivas entre 2012 e 2016, aparceriaBGI e a Universidade de Copenhague foi classificada em 4º.
- Entre 2001 e 2013, o BGI apresentou cerca de 250 artigos publicados em revistas acadêmicas de primeira classe.
- Em 2014, foi relatado que o BGI estava produzindo 500 porcos clonados por ano para testar novos medicamentos e cerca de 25% dos dados genômicos do mundo.
- Em janeiro de 2018, o CEO da BGI Genomics, Yin Ye, afirmou ter sequenciado mais de 10.000 amostras WGS, com 20.000 adicionais sendo sequenciadas por sua plataforma BGISEQ-500, cerca de 70% dos animais e plantas até agora foram sequenciados pela empresa e seus parceiros, como bem trabalhado em "mais de 10 milhões de amostras clínicas, incluindo a execução de 2,8 milhões de testes pré-natais não invasivos, 2,6 milhões de testes de papilomavírus humano, 1,53 milhões de testes de deficiência auditiva, pouco mais de meio milhão de testes de triagem neonatal e cerca de 25.000 testes de doenças raras".
- O BGI Group anunciou na conferência AGBT em fevereiro de 2020 que tornará o sequenciamento do genoma mais barato, quebrando a barreira de $ 100 pela primeira vez. A empresa de Shenzhen afirma que o baixo custo será possível com um sistema "extremo" de sequenciamento de DNA que planeja oferecer, capaz de decodificar os genomas de 100 mil pessoas por ano.
Projetos de pesquisa atuais
Genética humana
Projeto Genoma Humano
Um projeto internacional lançado em 1990 e declarado concluído em 2003. Eles se juntaram em 1999 e forneciam 1% da carga de trabalho.
Projeto HapMap internacional
Um projeto internacional lançado em 2002 e declarado concluído em 2009. Forneciam 10% da carga de trabalho.
Projeto Yan Huang
Iniciado em 2007 e com o nome de dois imperadores que se acredita terem fundado o grupo étnico dominante da China, o BGI planejou neste projeto sequenciar pelo menos 100 indivíduos chineses para produzir um mapa de alta resolução dos polimorfismos genéticos chineses. Os primeiros dados do genoma foram publicados em outubro de 2007. Um bilionário chinês anônimo doou $ 10 milhões de RMB (cerca de US $ 1,4 milhão) para o projeto e seu genoma foi sequenciado no início do projeto.
Projeto 1000 Genomes
Um projeto internacional para estabelecer um catálogo detalhado da variação genética humana lançado em 2008 e declarado completo em 2015.
Projeto Genoma Internacional do Câncer
Um projeto internacional lançado em 2008.
Projeto de doenças raras 1000
Um projeto internacional iniciado em conjunto com o Children's Hospital of Philadelphia em 2011. Com ele foram descobertos genes e mutações associadas a doenças raras, o que foi relatado em mais de 20 publicações científicas. Eles também "co-desenvolveram um teste de diagnóstico clínico de exoma completo oferecido pela patologia CHOP desde 2012". Eles colaboraram novamente em 2017, quando o Children's Brain Tumor Tissue Consortium do CHOP se juntou ao China National GeneBank da BGI .
Projeto de Genômica Cognitiva
Um projeto denominado Cognitive Genomics voltado para a pesquisa da base genética da inteligência foi anunciado em agosto de 2012. O físico americano Stephen Hsu ingressou como assessor científico e foi um dos líderes do projeto. Foi feito em 2.200 amostras, principalmente dos Estados Unidos, das quais 1.600 eram de indivíduos que participaram do Estudo da Juventude Matemática Precoce e supostamente têm QIs acima de 160, coletados pelo psicólogo e geneticista americano Robert Plomin . Além de publicar uma nova versão aprimorada da ferramenta PLINK , o popular Genome Wide Association Study , o projeto nunca foi concluído e os principais pesquisadores se mudaram para os Estados Unidos para criar a empresa Genomic Prediction, que fornece testes genéticos avançados para fertilização in vitro .
Alegações de vigilância genética em Xinjiang
Em 2019, foi relatado que uma subsidiária do BGI, Forensic Genomics International, havia criado um banco de dados habilitado para WeChat de perfis genéticos de pessoas em todo o país. Em julho de 2020, foi relatado que a BGI devolveu um empréstimo do Programa de Proteção ao Salário após o escrutínio da mídia. No mesmo mês, o Bureau de Indústria e Segurança do Departamento de Comércio dos Estados Unidos incluiu duas subsidiárias da BGI em sua Lista de Entidades por auxiliar em supostas violações dos direitos humanos devido ao seu trabalho de análise genética em Xinjiang . A BGI respondeu à lista afirmando que "não tolera e nunca estaria envolvida em quaisquer abusos de direitos humanos" e afirmando que estava intrigada com a decisão, já que a "subsidiária mencionada foi estabelecida em novembro de 2016 e não realizou negócios reais"
Animais e plantas
Projeto Genoma de Plantas 1000
Batizado de Projeto 1000 Plant Genomes (1KP), este foi um projeto internacional lançado em 2008 e declarado concluído em 2015. Os resultados finais foram publicados na Nature em 2019. Em 2010, a BGI anunciou que contribuirá com US $ 100 milhões em larga escala projetos de sequenciamento de plantas e animais. Em 2018, foi anunciado que o projeto 1KP estava sendo sucedido pelo projeto 10KP para sequenciar 10.000 espécies de plantas com alta qualidade (nível cromossômico).
Projeto Três Genomas Animais de Meio Ambiente Extremo
Em 2009, a BGI-Shenzhen anunciou o lançamento de três projetos de genoma que se concentram em animais que vivem em ambientes extremos . Os três genomas selecionados são os de dois animais polares : o urso polar e o pinguim-imperador , e um animal do altiplano : o antílope tibetano . O genoma do antílope tibetano foi publicado em 2013, o do urso polar em 2014 e os genomas dos pinguins imperador e Adélie em 2014.
Projeto Genoma Internacional de Big Cats
Em 2010, a BGI, Universidade de Pequim, Heilongjiang Manchurian tigre florestal jardim zoológico, Instituto Kunming de Zoologia , San Diego Zoo Instituto de Conservação Research, na Califórnia, e outros anunciaram que iriam sequenciar o tigre de Amur , South China tigre , tigre de Bengala , leão asiático , Africano leão , leopardo nebuloso , leopardo da neve , e outros felinos. Foi anunciado na época que o BGI também sequenciaria os genomas e epigenomas de um ligre e tigon . Como os dois híbridos recíprocos têm fenótipos diferentes, apesar de serem geneticamente idênticos, era de se esperar que o epigenoma pudesse revelar a base de tais diferenças. O objetivo do projeto era avançar significativamente na pesquisa de conservação e foi anunciado de forma auspiciosa para o ano chinês do Tigre. Os projetos ligre e tigon nunca foram realizados, mas os resultados foram relatados em 2013 para os genomas do tigre de Amur , do tigre de Bengala branco , do leão africano, do leão africano branco e do leopardo da neve .
Projeto Genoma Symbiont
Um projeto financiado conjuntamente anunciado em 19 de março de 2010, BGI anunciou que iria colaborar com Sidney K. Pierce da University of South Florida e Charles Delwiche da University of Maryland em College Park para sequenciar os genomas da lesma do mar, Elysia chlorotica , e seus alimento de algas Vaucheria litorea . A lesma marinha usa genes de algas para sintetizar clorofila , a primeira interespécie de transferência de genes descoberta. O sequenciamento de seus genomas poderia elucidar o mecanismo dessa transferência. Este trabalho foi finalmente concluído apresentando a montagem do genoma com um comprimento total de 557 Mb.
Projeto Earth BioGenome
Um projeto internacional iniciado com o Smithsonian Institution e outros parceiros em 2018, para sequenciar o DNA de 1,5 milhão de espécies eucarióticas conhecidas no planeta.
Microorganismos
Projeto Dez Mil Genomas Microbianos
O projeto foi iniciado em 1º de agosto de 2009, com a missão de sequenciar 10.000 micróbios em 3 anos. Inclui sequenciamento de microorganismos industriais, agrícolas, médicos e muitos outros. É feito em colaboração com muitos institutos, universidades e empresas, incluindo o Instituto de Pesquisa de Biotecnologia da Academia Chinesa de Ciências Agrícolas e o Instituto Tianjin de Biotecnologia Industrial da Academia Chinesa de Ciências .
Colaboração com os militares chineses
Em janeiro de 2021, a Reuters relatou que a BGI trabalhou com o Exército de Libertação do Povo e instituições afiliadas, como a Universidade Nacional de Tecnologia de Defesa, em esforços para aumentar a força dos soldados e outros projetos. Em julho de 2021, a Reuters informou que a BGI desenvolveu um teste pré-natal, com a ajuda do Exército de Libertação do Povo, que também é usado para coleta de dados genéticos. Em uma entrevista ao South China Morning Post , um representante do BGI negou a reportagem da Reuters. O South China Morning Post afirmou que o BGI publicou artigos no Hospital Geral do Exército de Libertação do Povo e na Universidade Médica do Exército , explicando no artigo que na China "muitos hospitais de primeira linha são filiados aos militares". A BGI declarou ainda “Todos os dados NIPT coletados no exterior são armazenados no laboratório da BGI em Hong Kong e são destruídos após cinco anos, conforme estipulado pelo Regulamento Geral de Proteção de Dados (GDPR)”.
Em resposta ao relatório da Reuters, um regulador de privacidade alemão lançou uma investigação sobre o uso de testes genéticos pré-natais da BGI por uma empresa alemã. Em agosto de 2021, o Reino Unido anunciou uma exigência de registro na Agência Reguladora de Medicamentos e Produtos de Saúde para os testes pré-natais da BGI. Reguladores na Austrália, Estônia, Canadá e Polônia também levantaram preocupações.
COVID-19
Em 25 de agosto de 2020, a Reuters relatou que cerca de 3.700 pessoas na Suécia foram informadas erroneamente que tinham o coronavírus devido a uma falha em um kit de teste COVID-19 da BGI Genomics. Apesar de ser o quinto teste a receber a Lista de Uso de Emergência da OMS , e obter as melhores notas em testes de sensibilidade em um estudo holandês que validou de forma independente testes disponíveis comercialmente. A BGI Genomics defendeu o produto, culpando as diferenças nos limites usados entre os laboratórios que analisam níveis muito baixos do vírus.
Tecnologia de bioinformática
Em 2010, o supercomputador de 500 nós do instituto processou 10 terabytes de dados de sequenciamento bruto a cada 24 horas a partir de 30 ou mais analisadores de genoma da Illumina . O orçamento anual para o centro de informática foi de US $ 9 milhões. No mesmo ano, os biólogos computacionais da BGI desenvolveram o primeiro algoritmo de sucesso, baseado na teoria dos grafos , para alinhar bilhões de strings de 25 a 75 pares de bases produzidas por sequenciadores de próxima geração, especificamente o Analisador de Genoma da Illumina , durante o sequenciamento de novo. O algoritmo, chamado SOAPdenovo, pode montar um genoma em dois dias e tem sido usado para montar uma série de genomas de plantas e animais.
SOAPdenovo faz parte do " Short Oligonucleotide Analysis Package " (SOAP) , um conjunto de ferramentas desenvolvido pela BGI para montagem de novo de genomas de tamanho humano, alinhamento, detecção de SNP, resequenciamento, descoberta indel e análise de variação estrutural. Construído para as leituras curtas dos sequenciadores Illumina, o SOAPdenovo foi usado para montar vários genomas humanos (identificando uma inserção de oito quilobases não detectada pelo mapeamento para o genoma de referência humano) e animais, como o panda gigante.
Até 2015, BGI tinha libertado BGISEQ-100, com base no Thermo Fisher Scientific 's Ion Torrent dispositivo, e BGISEQ-1000, baseada na tecnologia semelhante por Complete Genomics , para ambos os quais receberam uma aprovação do CFDA para um NIFTY (Não teste de trissomia fetal invasiva) teste pré-natal. Em outubro de 2015, a BGI lançou o BGISEQ-500, um sistema de sequenciamento de desktop maior, que recebeu um registro aprovado como dispositivo médico um ano depois pelo CFDA. Ele teria recebido mais de 500 pedidos para o sistema e executado mais de 112.000 testes até o final de 2016. O China National GeneBank , inaugurado pelo BGI e pelo governo chinês em setembro de 2016, tem 150 instrumentos do sistema. O BGISEQ-500 foi desenvolvido como uma plataforma de sequenciamento capaz de competir com as plataformas da Illumina com sua qualidade e preço reduzido. Em novembro de 2016, a BGI lançou o BGISEQ-50, uma versão em miniatura do sequenciador de desktop. Em 2017, a BGI começou a oferecer WGS por $ 600. Em outubro de 2017, a MGI Tech, uma subsidiária da BGI, lançou dois novos sequenciadores MGISEQ-2000 e MGISEQ-200 (posteriormente renomeados como DNBSEQ-G400 e DNBSEQ-G50), enquanto um ano depois DNBSEQ-T7.
Processos de violação de patentes
Em 2019, o concorrente Illumina, Inc. entrou com vários processos de violação de patente contra a BGI. Em resposta, a BGI entrou com ações judiciais por violação de patente contra a Illumina, alegando violações das leis antitruste federais e das leis de concorrência desleal da Califórnia .